中国美利奴羊MHC-DRB1 exon2单倍型构建及与布鲁氏菌病易感性关联性

来源 :石河子大学 | 被引量 : 6次 | 上传用户:ll13813568876
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目的:本研究通过对中国美利奴羊MHC-DRB1exon2基因多态性进行研究,并构建其单倍型,探讨该基因SNPs与布鲁氏菌病易感性相关性,初步筛选与布鲁氏菌病易感性相关的单倍型。此研究的目的在于借鉴人类在疾病与HLA-DRB1多态性关系的研究中的经验,运用于OLA-DRB1基因SNPs与绵羊各种疾病的相关性分析上,这为利用标记辅助选择选育绵羊抗病新品种以及进一步研究MHC的抗病机理打一定前期基础,为今后开展布鲁氏菌抗性分子标记辅助选择研究提供了一定的依据,为进一步定位具有易感性的遗传位点而最终进行抗病育种奠定基础。方法:1、本研究运用虎红平板凝集试验对193个中国美利奴羊进行绵羊种布鲁氏菌阳性血清检测,然后采用PCR结合SSCP技术检测其MHC-DRB1exon2的单核苷酸多态性(SNPs),而后对不同等位基因进行克隆测序,运用分子生物学软件进行比对分析,将检测到的SNPs及单氨基酸多态性(SAPs)分别与人及其他不同品种绵羊的SNPs进行比较分析,再用SHEsis在线软件对每个SNP位点的等位基因频率和基因型频率进行差异统计分析,从而分析其与布鲁氏菌病易感性的相关性。2、采用PCR产物直接测序法对40例布鲁氏菌阳性和阴性中国美利奴羊的MHC-DRB1exon2的SNPs进行检测,然后对其进行Hardy-Weinberg平衡检测及连锁不平衡分析,而后运用SHEsis在线软件对筛选的SNPs构建单倍型并进行单倍型关联分析,初步推测与布鲁氏菌病易感性相关的单倍型。结果:1、虎红平板凝集试验检测绵羊种布鲁氏菌阳性,在193个中国美利奴羊个体中检出126个布鲁氏菌阴性个体,其余的67个为阳性个体,布鲁氏菌阳性检出率为34.71%。2、在中国美利奴羊MHC-DRB1exon2(270bp)的序列内共检测到41个SNPs,其中不存在插入和缺失位点,这些位点中包括9个简约位点和32个单一多态位点。对其氨基酸序列进行分析,发现23个氨基酸多态位点。3、对HLA-DRB1exon2的多态性进行分析,研究发现55个SNPs和36个SAPs,与中国美利奴羊相比,仅有7个SNPs位点相同,其余均呈现不同,而且单氨基酸多态性较为丰富。4、10个品种绵羊MHC-DRB1exon2的共有片段(270bp)进行序列比对分析,结果表明不同品种绵羊的SNPs位点及SAPs位点不尽相同。5、在41个SNPs位点中,仅有109C/T位点的等位基因在病例-对照样本中的分布存在显著差异(P<0.05)。针对每个SNP位点的基因型进行关联分析,发现每个位点的基因型频率在病例组和正常对照组中的分布不存在差异性。6、根据构建单倍型所符合的条件,从检测的SNPs位点中共筛选出29个符合条件,可用于连锁不平衡分析和单倍型构建。经连锁不平衡分析发现中国美利奴羊MHC-DRB1exon2仅存在9个LDBlock,且SNPs两两之间存在强连锁不平衡,将其依次命名为Block1-Block9,但是发现每个LDBlock内的SNPs位点数却各不相同,Block7包括A171G、G172C、A190G和G200T四个SNPs位点,而Block1、Block3和Block4却只有两个SNPs位点组合而成。7、经单倍型分析,发现中国美利奴羊MHC-DRB1exon2上由筛选的29个SNPs位点,构建了9种单倍型,根据这些单倍型在病例-对照组中的分布差异性,发现其中只有Hap8和Hap9两种单倍型在病例和对照组中比较差异有统计学意义(P<0.05)。结论:1、分析中国美利奴羊MHC-DRB1exon2多态位点,发现在270bp内共检测到41个多态位点,及23个氨基酸多态位点,充分说明该序列的确存在丰富的SNPs和SAPs,表现为丰富多态性。2、由于绵羊与人的MHC-DRB1exon2序列具有高度同源性,因而对HLA-DRB1exon2的多态性进行分析,研究结果表明人MHC-DRB1exon2的SNPs和SAPs明显比中国美利奴羊丰富复杂。3、10个品种绵羊的MHC-DRB1exon2共有片段(270bp)进行序列比对分析,结果表明不同品种绵羊的SNPs位点及氨基酸变异位点不尽相同。4、对中国美利奴羊MHC-DRB1exon2多态性与布鲁氏菌病易感性的相关性研究,研究发现109C/T可能与绵羊种布鲁氏菌病易感性相关,而每个SNP位点的基因型可能与布鲁氏易感性不相关,结果证实了DRB1基因有参与抗原递呈。5、由于两两之间存在连锁不平衡,仅发现9个连锁不平衡域,而且每个Block中的SNPs两两之间存在强连锁不平衡。构建了9种单倍型,根据这些单倍型在病例-对照组中的分布差异性,发现其中有两种单倍型Hap8和Hap9与布鲁氏菌病易感性的差异显著(P<0.05),因而初步推测其与绵羊布鲁氏菌病易感性相关。
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