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本论文利用SSR标记辅助选择，分别对玉米茎腐病与南方锈病两种病害的抗性基因及玉米茎腐病、南方锈病和矮花叶病三种病害的抗性基因进行了聚合研究;利用SSR标记和STS标记分析了上述三种病害和玉米小斑病抗病基因在黄早四中的存在及其在黄早四衍生系中的遗传传递规律。主要结果如下:
1、对抗玉米茎腐病基因Rpil和抗玉米南方锈病基因RppQ进行了聚合。筛选出了用于Rpi1、RppQ聚合的SSR引物bnlg1937、phi041，对1145与齐319杂交后获得的F2代个体进行了分子标记辅助选择，筛选出7个聚合了Rpi1和RppQ的个体。在F3代和F5代，经分子标记检测淘汰了基因型不纯的株系，在F5代获得了14个聚合有Rpil和RppQ的株系。在F4代和F5代分别进行了南方锈病和茎腐病的田间抗性鉴定，从14个候选株系中选出了3个对两种病害表现高抗的株系。对F5代的主要田间农艺性状进行了比较，选育出了可抗玉米茎腐病和南方锈病，且农艺性状优良的1个自交系DR94-1-1。
2、对抗玉米茎腐病基因Rpil、抗玉米南方锈病基因RppQ与两个抗玉米矮花叶病基因（Rscmv1与Rscmv2）进行了聚合研究。筛选出了用于三种病害抗性基因聚合的四个SSR引物:bnlg1937、phi041、umc2311和phi053，对DR94-1-1与另一个双抗材料41-4（四一×1145）杂交获得的40个F2代单株进行了分子标记辅助选择，筛选出3个同时聚合了Rpi1、RppQ、Rscmv1与Rscmv2四个抗病基因的单株，为选出主要农艺性状优良且同时抗三种病害的材料奠定了基础。
3、对玉米抗病基因在黄早四及其衍生品种中的存在及传递进行了研究。SSR分析表明:在黄早四、4个黄早四衍生系和衍生系配制的4个杂交种中都存在矮花叶病抗性基因mdml(t)与玉米茎腐病抗性基因Rfg1，但不具有茎腐病抗性基因Rpi1。只有杂交种鲁单981具有南方锈病抗性基因RppQ，其余8个材料都不含该基因。对小斑病抗性基因STS标记的扩增结果显示9个材料具有大小相同的带型，序列分析显示黄早四具有抗性基因rhm。SSR标记和STS标记分析结果与田间抗性相符合，两种分子标记可有效地用于玉米抗性基因的遗传传递分析。