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哲学的核心是本体论，按亚里士多德的观点，它是第一哲学，即形而上学。形而上学的本质在于它是人们对整个客观世界终极原因的一种看法或解释。亚里士多德的《形而上学》作为第一本纯粹意义上的哲学著作，其核心内容就是试图通过人类的理性思维揭示出客观世界的真正原因，在他看来，这是人类最高的“智慧”。而自然科学的本质是人类对自然界具体的、精确的、分门别类的看法或解释，只不过这种看法和解释必须受到人类经验严格检验，以判别其正确与错误。
因此，作为第一哲学的形而上学是人们对宇宙终极原因的探索和解释，即宇宙观;而作为第二哲学的自然科学是人们对自然现象背后原因的具体的分门别类的解释。所以，哲学或形而上学与自然科学之间的关系是抽象和具体，普遍性和特殊性，思辨和精确之间的关系。然而，作为思想观念它们是一致的。这就是说，人们对自然现象背后原因的解释必然要受到人们对于整个宇宙终极原因探索和解释的决定性影响。或者说，一个人有什么样的宇宙观和世界观就决定了他如何去探索自然界的奥秘。这当然就意味着自然科学必须以形而上学为前提，没有形而上学为基础，科学便成为空中楼阁。事实上，科学史上重大的理论发现，比如，牛顿万有引力理论，哥白尼的日心说，麦克斯韦的电磁场理论，爱因斯坦的狭义和广义相对论，都有其深刻的形而上学基础。正是在这种意义上，大哲学家雅斯贝尔斯认为，一种纯粹的科学需要一种纯粹的哲学。康德之所以写《自然科学的形而上学基础》，原因也在于此。
既然科学必须要以形而上学为基础，因此要在科学上有重大的创新，提出具有划时代意义的理论，科学工作者就必须有很高的哲学造诣，就必须有自己独立的思想，这正是科学史上大凡一流的科学家都是一流哲学家的原因。所以，中国科学工作者要想在科学上有重大创新，就必须提高自身的哲学修养。