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治理结构问题主要是指因分权而形成的控制法人内部秩序的特定机构或组织的职权安排以及决定法人内部秩序形成的决策机制的制度安排。大学法人尤其是大学法人中，治理结构问题既包括横向分权所形成的法人机关的设置与权力配置，也包括纵向分权所形成的大学与下属组织之间的分权机制。影响大学法人治理结构的因素包括:大学法人组织内部所独有的学科组织的设置、建立与演变使得大学治理结构的安排中有一种独特的下属组织存在;大学组织的历史继承性特点使得大学法人内部治理结构的制度安排需要兼顾历史;高等学校职能理论对高等学校法人治理提出了新的命题，影响着大学法人治理结构的变革;大学中所存在的包括教师、学生、大学设立人、国家、校友等各种利益群体也有参与大学法人治理的需求;大学独特的组织特点，即作为学术组织的特性、封闭性与开放性的结合、作为民主组织的特性以及作为一种松散型组织的特征等都在影响着大学法人治理结构;大学中学术权力和行政权力区分存在的客观现状需要在大学法人的治理结构得以体现，主要是区分不同法人机关来行使不同权力。 在横向分权的大学法人机关设置上，不同国家各不一样。在德国，有两种不同机关:一是作为最高意思形成机关的大学全体代表大会，二是大学的业务执行机关，其中包括评议会和校长。如果用法人机关的理论分析，英美国家中也并没有统一的模式，而是因各校不同，但是均无例外地表现出机关分权与制衡的特点。在英国，以牛津大学为为例，包括了大学评议会(Convocation)、主政教师大会(Congregation)、大学理事会(Council)和校长为代表的大学官员等机关，同时也存在隐藏的监督机制和独特的纠纷解决机制。美国以耶鲁大学为例，大学中设立了作为最高意思形成机关的大学董事会和作为执行机关的大学校长等官员。美国大学中的纠纷解决机制，表现出专门机构与非专门机构相结合的特点，非正式途径解决也是一种机制。我国港台地区的法人治理结构，与祖国大陆不一样，但大学法人治理结构也均存在着分权与制衡的特点。 在纵向分权中，大学治理结构因大学下属组织的类型和与大学关系的性质不同，可以按不同标准对大学法人治理模式进行区分:一是独立颁发学位模式和非独立颁发学位模式的区分，其区分标准是大学下属组织是否独立享有学位授予权;二是集权主模式义和联邦主义模式的区分，其区分标准是大学对下属组织的控制程度以及大学下属组织自主决定权的表现形式;三是依附模式和自主模式的区分，区分的标准包括下属组织是否享有独立人格以及在多大程度上可以完全自己决定自己的事务。从制度建构的角度看，我国大学中纵向分权意义上的法人治理结构的调整方向是:学位授予制度需要加以完善;大学部分下属组织如学科组织和实验室等应当考虑进行法人化改造，这种改造将为对下属组织的赋权奠定制度基础;应相对强化独立学院对大学的依附关系;需要建立完善的教授治校、学生自治和参与大学治理以及校友参与大学治理的制度。 在横向分权上，我国现行制度环境中，存在着作为政治领导机关的中国共产党高等学校基层组织、作为民主管理和民主监督的教职工代表大会、作为执行机关的大学校长、作为行使学位授予权的学位评定委员会、作为行使学术权力的学术委员会等机关。这些机关均是法定的，即表现出机关设置法定、职权法定的特点。同时我国大学法人机关也表现出机关设置大多因历史而存在、政治领导权力行使的组织化与机关化、学术性机关与行政性机关区分设置、法定机关与任意机关的设置因各校而异、民办高校和公办高校法人机关设置在法律上区分规定等特点。我国大学横向分权所形成的治理结构，存在着如下问题:党委领导下的校长负责制以及这一政策的法制化在高等学校中造成了党政长期难分的问题，政治领导机关直接参与大学内部事务决策的现象比较严重;不同机关之间权力区分不清晰，多个机关同时行使相类似的权力，譬如学位评定委员会与学术委员会之间的权力区分就不清晰;公办高校中管理体制改革中新出现的机构法律地位不明，与机关设置原理不相符合的现象比较严重，譬如董事会的设置，容易与国外大学中作为最高决策机构的董事会联系起来，但是我国公办高校的董事会大多并非一个拥有实质性权力的机关。 从制度应然模式的建构角度出发，大学横向分权的法人机关设置，主要是需要面对影响大学法人治理结构的因素的综合影响，同时针对现状中所存在的问题。大学需要依照民法的规定，设立最高意思形成机关和代表机关;居于我国现实政治制度的需求，需要设置政治领导机关;居于高等学校内部分权的独特性所在，需要设置执行机关、学术权力机关、监督机关和纠纷解决机关。政治领导机关主要面对的是问题是党委领导下的校长负责制应当回归到政策体系之中，而不应该作为立法内容来对待;政治领导机关的职权界定关键在于做到党政分开和恰当界定中国共产党高等学校基层组织的职权。在最高意思形成机关的建构上，应当引入西方大学董事会制度。大学董事会在成员组成上应当由大学各个利益群体的代表，从而满足各个利益群体参与大学治理的要求。作为最高意思形成机关，大学董事会主要就大学的根本和重大事项进行决策，同时产生大学校长、副校长和其他官员等大学执行机关的成员。大学的代表机关应当实行独任代表制，以与我国民法通则的规定保持一致。我国大学的代表机关可以是校长，也可以是校长以外的其他人。代表机关的职权也应当是法定的，包括代表法人从事民事活动、签署文件、颁发学位和出席重大活动等。大学校长本身在大学中有着特殊的地位，因为大学校长职位，大学校长通常能参与其他机关。但是大学校长、副校长等大学官员是大学中的执行机关。这一机关，非但负责大学行政事务的执行，也负责大学学术事务的执行，因此是大学中行使执行权力的法人机关。大学校长的职权包括执行大学最高意思形成机关和学术权力行使机关决议等职权。西方大学中尤其是美国制度环境中的大学评议会制度应当加以借鉴以改造成我国大学中的学术权力行使机关。这一机关主要是由大学教授组成。这一机关董事会分权而立，也决定大学校长对大学学术事务的具体执行。大学学术权力行使机关的职权主要是就大学中的学术事务做出决策。大学内部自己解决自己的纠纷，在中世纪大学就已经有历史传统。大学专门设立的纠纷解决机关，是独立于其他法人机关的，其职权包括如解决校内各种类型的纠纷、解释大学的章程等等。大学纠纷解决机关所受理的大部分案件，不能限制当事人到法院提起诉讼以寻求国家司法权力保护的途径。从权力监督行使的角度出发，大学还需要设置监督机制来监督其他机关尤其是大学校长等执行机关权力的行使。 规范大学法人治理结构的基本依据主要是法律和章程。在我国，由于大学主要是公办大学，而这些大学大多没有制定章程。因此，大学的章程问题，通常也就是公办大学的章程问题。公办大学的章程面临着性质定位和制定主体的困惑。从民主理念出发，大学应当成立专门的章程机关。大学章程的解释权通常归属大学自己。规定大学不同机关设置、纵向分权的组织设置，以及不同机关的职权赋予，是大学章程的主要内容。大学章程虽然会由立法机关来批准，但是大学章程中往往会设定符合大学个性的机关。