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政府管理与大学自治的关系是政府与大学关系的核心问题。自大学产生以来，政府通过直接或间接的方式管理大学，大学则希望实现自治，这种在二者之间因性质、职能不同而形成的权力、行为的博弈就从未停止过。借鉴新制度经济学理论对政府与大学的关系进行分析，可以考察政府和大学在各个历史时期通过大学制度表现出来的综合博弈的结果和成因。论文着重从历史考察和现实审视与分析两个层面，分析政府与大学关系的制度路径演变的规律。通过问题的研究，我们得知，政府与大学关系的发展历史，是政府与大学通过历史博弈将非正式制度转变为正式制度的过程；是以政府与大学发展为指导的，制度供求日益趋于更高层次均衡的周期循环的演进；是由制度需求累积、制度创新和制度均衡阶段构成的循环往复的递进周期。每一个制度均衡形成的周期都是政府和大学基于权力与发展的综合博弈的过程。博弈的结果，既取决于政府的意志，又更大程度地取决于大学自我发展、自我管理、自我约束等的条件和能力。市场的介入和市场经济的发展，强化了政府宏观管理的必然性，政府宏观管理与大学自治成为互为前提的相对概念。政府从集中统一的行政化管理向宏观管理的转变，与大学向相对自治的逐步实现是一个过程的两个方面。政府与大学制度供给与需求的关系处理得好，则可以降低制度运行的交易费用(成本)。制度均衡时，政府的制度供给与大学的制度需求相融合，制度运行的交易费用最低。通过现代大学制度的确立，构建科学化、法制化的制度平台，是政府宏观管理与大学自治之间关系得以平衡的重要方式。