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目的：探讨肝癌患者p16、APC基因启动子区异常甲基化状态与叶酸、维生素B12水平以及亚甲基四氢叶酸还原酶(methylenetetrahydrofolate reductase, MTHFR)和胸苷酸合成酶(thymidylate synthase,TS)基因多态性的关系。方法：选用2008年6月至2009年6月青岛大学医学院附属医院等确诊的原发性肝癌86例,并采集其外周静脉血、癌组织和癌旁正常组织标本。采用荧光PCR(Real-time PCR)检测p16、APC基因甲基化状态以及MTHFR C677T、MTHFR A1298C基因多态性；聚合酶链反应限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法检测TS 5’-非翻译区(5’-UTR)基因多态性；电化学发光免疫法(ECLI)检测血浆叶酸和维生素B12水平。结果：1.肝癌组织及其对应的血浆中p16基因甲基化频率显著高于癌旁组织(X2=67.48、37.50,p<0.05)；肝癌组织中p16基因甲基化频率显著高于其对应血浆(X2=6.72,p<0.05),两者p16基因甲基化的一致率为65.4%。2.肝癌组织中APC基因甲基化频率显著高于癌旁组织(X2=18.03,p<0.05),而血浆和癌旁组织之间APC基因甲基化频率差别无统计学意义(p>0.05)。肝癌组织中APC基因甲基化频率显著高于其对应血浆(X2=29.16,p<0.05),两者APC基因甲基化的一致率为43.3%。3.血浆p16基因异常甲基化与HBsAg有关,HBsAg阳性者癌组织及其对应血浆中p16基因甲基化频率显著高于HBsAg阴性者,差别有统计学意义(X2=5.60、5.67,p<0.05)。4.癌组织中p16基因甲基化组叶酸水平显著低于非甲基化组(p<0.05),而两组维生素B12水平差别无统计学意义(p>0.05)；血浆中p16基因甲基化组叶酸、维生素B12水平均显著低于非甲基化组(p<0.05)。癌组织及其对应血浆中APC基因甲基化组和非甲基化组叶酸、维生素B12水平差别均无统计学意义(p>0.05)。5.MTHFR 677突变基因T携带者p16、APC基因甲基化的风险分别是MTHFR 677CC基因型携带者的3.47(1.06-11.37)倍和3.64(1.13-11.79)倍(p<0.05)。6.MTHFR A1298C突变基因C携带者APC基因甲基化的风险是MTHFR 1298AA基因型携带者的0.32(0.11-0.92)倍(p<0.05),而MTHFR A1298C基因多态性与p16基因异常甲基化无显著关系(p>0.05)。7.TS 5’-UTR基因多态性与p16、APC基因异常甲基化无显著关系(p>0.05)。结论：1.肝癌患者血浆p16基因甲基化检测作为一种非侵入性检测方法可能在肝癌诊断中具有一定的意义。2.肝癌患者HBsAg可能与p16基因甲基化有关,HBsAg可增加p16基因甲基化频率。3.肝癌患者p16基因甲基化可能与叶酸和维生素B12水平有关,而APC基因甲基化与叶酸和维生素B12水平无关。4.MTHFR C677T基因C到T的突变可能是p16、APC基因甲基化的危险因素；MTHFRA1298C基因A到C的突变可能是APC基因甲基化的保护因素；TS 5’-UTR基因多态性与p16、APC基因异常甲基化无显著关系。