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合作社法的颁布与惠农政策的出台促进了合作社的蓬勃发展,截至2015年10月合作社数量已达147.9万户。农业税的取消与农产品的免税政策又使得广大农民纳税意识变得淡薄,合作社成员的这种主体素养直接制约着合作社的纳税遵从度与规范化发展。作为税收管理的税务机关,承担着税收优惠政策的执行和涉税交易的监管工作。税收管理是保证农村税收环境纯净,促进合作社健康发展的重要环节。但是,由于农民专业合作社的特殊性,给税收管理工作带来了一定的挑战。本文基于税务机关对合作社的日常管理这一现状,在对国内外文献研究进行梳理的基础上,通过调查访谈,分析当前对合作社的税收管理中存在的问题与原因,从而提出合理建议。以期为今后的税收管理工作厘清思路,促进合作社的规范发展。首先,通过查阅资料,对现有的研究文献进行分析,对合作社的税收管理理论进行梳理,结合合作社的发展现状与现行的征管模式,找出征纳矛盾的症结所在。认识目前税收管理的特点是合作社的迅速发展与税务机关的管理效能不相适应,管理问题频发。其次,对农民专业合作社的税收管理问题进行总结。根据税务机关的日常管理难点将问题归类为信息掌握难,税源监控难,管理效能低等。在此基础上进一步对存在的问题进行思考,从国家、税务机关、合作社三个层面分析问题的原因所在。一是国家政策文件多而透明不足,部门机构多而协调不够;二是税务机关服务意识落后、管理手段滞后、责任意识不强;三是合作社的客观有困难,主观有不足,不专业、不规范。最后,针对问题存在的原因分析,相应地提出加强合作社税收管理的建议。国家需要理顺机制,加强部门间协调统筹,确保政策公开透明;税务机关应该加强宣传,提高纳税服务,创新管理手段,依法办税,严控风险;合作社应该提高认识,加强自身建设,规范交易行为。