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拟穴青蟹是我国沿海重要的经济蟹类，具有很高的商品经济价值，由于海域污染和人为过度捕捞等原因，导致资源量受到严重破坏。本研究采用磁珠富集法，开发了拟穴青蟹高多态微卫星引物8对，并应用微卫星分子标记技术对拟穴青蟹群体进行遗传多样性和遗传分化研究，以期为我国拟穴青蟹种质资源的可持续利用及保护、加快良种选育提供科学依据。1．采用磁珠富集法，利用生物素标记的（GT）15、（CT）15混合寡核苷酸探针从拟穴青蟹的基因组DNA的Mse1I酶切片段中筛选500～1200bp的微卫星序列。将洗脱的杂交片段克隆到pMD18-T载体上构建富集微卫星基因组文库，通过PCR筛选检测出阳性克隆进行测序。挑取350个克隆检测，取130个片段大小为≥500bp克隆测序，从中设计了48对引物。以海南琼山拟穴青蟹群体为研究对象，对引物进行多态性检测，共检测出8对高多态引物，其等位基因数为2～8个，多态信息含量为0.239～0.841，观察杂合度为0.3333～0.667，期望杂合度为0.2778～0.8589。多态性分析结果显示，8对引物均具有较高的多态性，适合进行种群遗传学研究。2．采用8对微卫星引物，对我国沿海拟穴青蟹10个野生群体的遗传结构进行研究，分析了各群体内的遗传多样性和10个群体间的遗传分化。拟穴青蟹10个群体平均每位点等位基因数（A）介于3.6250～4.5000之间，平均为4.1111；平均每位点有效等位基因数（Ae）介于2.3550～2.9611之间，平均为2.6818；多态信息含量（PIC）介于0.4497～0.542之间，平均为0.4971；观察杂合度在0.3228～0.4859之间，平均为0.4215；期望杂合度在0.5042～0.6092之间，平均为0.5492。表明拟穴青蟹群体遗传多样性处于中等水平。群体间遗传距离（D）介于0.011～0.1983之间,遗传分化系数(FST)为0.0411，表明拟穴青蟹10个群体之间分化较弱。聚类分析显示，海南四个群体遗传距离较近先聚为一类，再与福建群体、广东群体聚为一类，最后与浙江群体聚为一大类，广西群体遗传距离较远单独聚为一类。微卫星分子标记技术分析结果认为，虽然我国拟穴青蟹资源受到一定的破坏，但还未对其遗传多样性造成严重影响，应及时采取有效的保护措施，以期为拟穴青蟹人工养殖保留可靠的种质资源。