论文部分内容阅读
白假丝酵母菌(Candida albicans)是一种重要的条件致病性真菌,该菌广泛存在于自然界,也存在于人口腔,上呼吸道,肠道及阴道。当机体免疫功能受损时,可引起鹅口疮、阴道炎等疾病,是系统性真菌感染的主要病原体之一。近年来,随着大剂量的抗生素、激素、免疫抑制剂的使用及器官移植术的开展,系统性真菌感染发病率及耐药率也逐年增高,并可造成危及生命的严重后果。目前白假丝酵母菌的致病相关等机制尚不明确,治疗手段及预防技术发展缓慢。白假丝酵母菌已知的致病因子包括分泌蛋白、酯酶、粘附因子等,目前公布的两株白假丝酵母菌全基因组序列不能满足我们从全基因组水平解释白假丝酵母的致病特征及耐药机制。因此,为了更全面的研究白假丝酵母菌的遗传变异规律及致病因子,我们进行了中国第一株白假丝酵母菌的全基因组测序及分析。我们首先通过RAPD分型选择一株白假丝酵母菌临床分离株CA6184,通过扩增其18S r DNA并进行测序、对比,确定该分离株种属特性。其次验证了其对常用抗真菌药物的敏感性,发现其为常用抗真菌药物敏感株。由于白假丝酵母菌基因组存在许多重复序列,难以分离稳定的单倍体,我们结合第二代和第三代基因组测序技术,对分离的白假丝酵母菌CA6184进行了全基因组测序。CA6184基因组大小约为15.38Mb(megabase,Mb),GC含量为33.60%,Contig 50为833.4 Kb,测序深度最高达215×。我们完成了CA6184的编码基因的注释工作,对基因功能、基因本体论(Gene Ontology,GO)、信号通路等进行了注释,通过排除法分析了CA6184的理论分泌蛋白,并对理论分泌蛋白中的致病性可能相关基因做了归纳。利用比较基因组方法分析了白假丝酵母菌、酿酒酵母相关代谢基因,Pfam结构域、转录因子,并对CA6184及酿酒酵母共有蛋白和白假丝酵母菌特有蛋白进行了分析,发现共有蛋白2895个及CA6184特异蛋白408个,特异蛋白中具有较多的粘附蛋白及应激蛋白等。此外还对同种间3个白假丝酵母菌的共有蛋白和特异蛋白做了统计,分析了致病因子在CA6184中的分布。本研究结合二代和三代基因组测序技术,对白假丝酵母菌进行了全基因组测序,为进一步阐明白假丝酵母菌的致病机制及后续的转录组研究,打下坚实的基础。