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小家鼠(Mus musculus)属哺乳纲(Mammalia),啮齿目(Rodentia),鼠科(Muridae),小家鼠属(Mus),是全球分布的人类共栖种。小家鼠是全世界实验使用最广泛的实验小鼠的祖先,并且是人兽共患病的主要动物传染源和动物宿主中主要的一种,广泛在生态、进化和遗传研究中应用。TLR2基因在个体天然免疫反应中有重要的功能,研究其基因演化特征可以更好的理解不同物种对自然环境的免疫适应机制。深入研究小家鼠TLR2基因不但有重要的理论意义,而且具有非常重要的现实意义。本文通过实验提取小家鼠DNA,进行PCR扩增、测序获得295个小家鼠样品的TLR2基因。通过对小家鼠TLR2基因分子标记对来自全国26个地理种群的295个小家鼠样品的基因结构特点、种群遗传结构及系统发育进行了分析。结果显示295个小家鼠TLR2基因片段长692 bp,碱基组成A,T,C,G平均含量分别为:27.5%,26.2%,22.9%,23.3%,存在明显的AT偏好(A+T%=53.7%)。共有变异位点(Variable(polymorphic)sites,V)47个,简约性信息位点(Parsimony informative sites,Pi)10个,基因多样性较低。中性检验Tajima’s D值为-2.54680,P<0.01,差异极显著。单倍型(Haplotypes,H)一共30个,共享单倍型有5个,其他25个单倍型为私有单倍型,单倍型H1是主频单倍型,样品数量为203,占比68.81%,单倍型遗传距离(Haplotype diversity,Hd)为0.5113。核苷酸多态性(Nucleotide diversity,Pi)为0.00151。该研究选取样品数量大于等于5的地理种群共23个进行分子系统学研究。分析23个地理种群的遗传多样性,核苷酸多样性(Pi)最高的为GX(广西南宁),Pi=0.01135,最低的为WN(渭南),Pi=0.00050,核苷酸多样性(Pi)平均为0.00390,核苷酸差异性(K)最大的是GX(广西南宁),K=7.60714,最小的是的WN(渭南),K=0.33333,核苷酸差异性(K)的平均值为2.61206。单倍型多样性最高的是W(武汉),Hd为0.933,最低的是XJ(新疆),Hd为0.167。每个地理种群地区的TLR2基因的变异位点个数(S)基本不同,范围从2个(渭南)到28个(昆明)。对23个地理种群进行中性检验,有9个地区(A(安阳)CY(朝阳)CZ(长治)GD(广东)GZ(贵州)MH(漠河)PX(萍乡)SP(四平)TW(台湾))的Tajima’s D值为正值,其他13个地区为负值。TLR2基因在各地理位点的遗传距离系数在0.0000–0.00876之间。其中,KM(昆明)与MH(漠河)间遗传距离系数最大,为0.00876,核苷酸歧异度TW(台湾)和GX(广西南宁),Dxy为0.00965,YT(烟台)和WN(渭南),WN(渭南)和SY(松原)Dxy均为0.000025。23个地理群体显示出了较大的遗传相似性,这是由于群体之间存在基因流而造成的。全部26个地理种群定义的30个单倍型大体分为一个类群,没有出现明显的集群。各项结果表明小家鼠TLR2基因遗传分化速率较低,种群较为稳定,差异性不显著,没有明显的种群分化和地理隔离。