基因组启动子序列数据库和web应用系统的构建

• 作 者: 李瑾
• 发表日期: 2007年期
• 关键词: 启动子 启动子预测 基因组启动子数据库 可视化浏览器

识别和收集基因组启动子及其转录起始位点是目前基因组研究中的重要论题。参与研制了启动子及其转录起始位点预测系统。面对急剧膨胀的基因组序列数据,传统的生物学方法已很难满足启动子识别的需要,采用计算的方法高通量地预测启动子序列显得至关重要。通过构建启动子的线性对数模型,有效利用了近端启动子序列特征和距转录起始点的相对位置不同的启动子序列在序列特征上存在的显著差异性,参与开发了哺乳动物蛋白质编码基因启动子及其转录起始位点预测软件ProKey。比较测试结果显示,系统的综合预测精度优于著名软件DGSF和Eponine。设计与建立了基因组启动子序列数据库。一方面,通过考察国际上著名的基因组启动子注释相关数据库,对众多数据资源进行了分析和处理,提炼出了具有实验证据或经过人工验证的可靠的启动子数据。另一方面,利用预测软件ProKey对人类基因组进行了预测。对获得的可靠和预测的基因组启动子及其转录起始位点数据集进行了分析和整理,选择数据库管理系统Mysql对其进行存储和管理。建立了基于B/S模式的基因组启动子序列数据库web应用系统,提供了基因组启动子及其转录起始位点数据的web发布。对现今的web数据库技术进行分析,以用户容易理解和操作的方式来设计和实现了数据的文本检索。设计了基因组启动子及其转录起始位点的可视化展示方式,基于以染色体为中心的导航策略实现了基因组启动子及其转录起始位点的可视化浏览,基于SVG文本式矢量图形描述语言完成了基因组启动子可视化浏览器的制作。