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我国的上市公司很大一部分是由原先的国有企业通过改制形成的,“国有股一股独大”现象依旧是十分显著的问题,上市公司和母公司以及子公司之间普遍存在着关联关系,关联方利用非公允关联交易来粉饰报表、虚增利润、利益输送、逃避税收等情况已经是不争的事实。尤其是最近几年来,上市公司的关联交易行为越来越受到证券市场广泛的关注。作为一种公司的治理机制,独立董事制度的一项重要职能就是对关联交易的监管。《关于在上市公司建立独立董事制度的指导意见》(下文简称《指导意见》)明确提出,上市公司应赋予独立董事对于重大关联交易的知情权、提议权、认可权和发表独立意见权。本文在对目前国内外关于独立董事制度对关联交易监管有效性的研究基础上,结合我国自身情况,从理论和实证两个方面来验证独立董事制度对上市公司非公允关联交易监管有效性。本文实现了如下几个写作目的：(1)实现了独立董事制度对上市公司非公允关联交易监管有效性的理论研究,分别从独立董事制度的理论分析和独立董事对关联交易的经济学分析两方面进行了深入研究。基于委托代理理论和制度变迁视角分析,验证独立董事制度可以有效地监管上市公司的非公允关联交易。(2)实现了独立董事制度对上市公司非公允关联交易监管有效性的实证分析,利用独立董事制度的特征,用独立董事比例、会计和法律专业独立董事比例、独立董事出席会议比例、独立董事薪酬四项指标,加上公司治理结构和财务指标作为控制变量,利用SPSS17.0对解释变量和被解释变量进行相应的描述性统计,构建了多元线性回归模型,研究了独立董事对不同类型的关联交易的监管效果。(3)利用主成分分析法,将重大交易的变量集构建为一个综合重大关联交易指标,实现了独立董事制度与上市公司整体的关联交易情况的回归分析。实证结果表明独立董事制度对上市公司非公允关联交易监管效果并不理想,本文为完善独立董事制度提供了很好的建议。