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革菌科下革菌(Thelephora-Tomentella)为重要的植物外生菌根真菌,部分物种具有极高的经济价值。目前对于革菌的物种分类主要依赖于子实体形态结构,即Thelephora为直立型而Tomentella为匍匐型。有证据表明,亲缘关系较近的Thelephora和Tomentella两属物种虽然形成了一个单系支系,但是它们却不能各自形成姐妹单系群,而基于单基因的系统发育分析尚不能对上述两属的分类现状进行准确阐述。本文利用多个分子标记,对广泛来源的革菌真菌进行了系统发育分析,以揭示革菌各物种之间的系统发育关系,为两属物种划分提供依据。此外,针对革菌中一种十分重要的真菌物种-干巴菌(Thelephora ganbajun)进行了群体遗传学研究,以揭示该物种的群体遗传多样性,群体结构,传播和生殖模式等生物学特性,为该物种的资源保护和可持续利用提供理论基础。最后对干巴菌群体遗传研究中观察到的线粒体异质性现象进行其真实性验证和异质组分在个体及群体间的分布模式研究,为真菌线粒体遗传的特殊方式提供新的证据。本研究主要结果如下：1.革菌系统发育研究通过干巴菌模式标本与纯培养菌株P2多基因序列相似性比较,确定了纯培养菌株的分类学地位。依据革菌的ITS系统发育结果,确定了云南省重要真菌-干巴菌(Thelephora ganbajun)的ITS系统发育位置。利用来源于核基因的分子标记,28S rDNA、18S rDNA、TUB、CHS2和来源于线粒体基因的分子标记,12SrDNA和16S rDNA对革菌进行了系统发育分析。上述基因通过多基因谱系一致性物种识别(GCPSR, Genealogical concordance phylogenetic species recognition)方法鉴定出21个系统种,其中13个物种在云南存在分布,包括明确鉴定到种的疣革菌(Thelephora terrestris)和青灰革菌(Thelehpora caryophyllea),揭示革菌在云南地区具有很高的物种多样性。除此之外,GCPSR还发现云南市场售卖的干巴菌除了真正的干巴菌外,还主要存在2个形态相似物种。通过在GCPSR分析中引入子实体类型直立和匍匐状的革菌样本,证实了Thelephora与Tomentella两属目前的系统发育状态为并系。GCPSR物种鉴定结果支持ITS作为革菌物种鉴定的分子标记,28S rDNA和CHS2基因可以作为候选片段。2.干巴菌的群体遗传学研究选取核基因分子标记,TEF1、TUB、CHS2和线粒体分子标记COX3,12S rDNA对云南地区准确鉴定为干巴菌的298份样本进行了群体遗传学分析。结果表明,线粒体和核基因一致的反映了云南地区干巴菌的群体结构,即群体内的遗传多样性较高,分子变异主要分布于地方群体内部；整个云南的干巴菌群体为一个稳定的随机交配群体,不同地方群体之间不存在明显的结构特征：地方群体之间的遗传差异与地理因素之间没有明显关系,多个位点间检测到重组现象；干巴菌群体之间存在明显基因流,孢子传播及有性生殖过程对保持群体遗传多样性和稳定性起到重要作用。3.干巴菌线粒体异质性研究通过在模式标本、P2纯培养菌株和群体样本中扩增COX1基因,发现该基因存在异质性组分,进一步分析表明异质原因为高度分歧的内含子序列。异质COX1基因型在不同个体之间分布特点为：COX1-L(347bp)型为主要类型的样本中COX1-S为痕量；而在COX1-S(341bp)型为主要类型的样本中,COX1-L的量比COX1-S型略少。大部分样本中的COX1基因的主要类型为S型,且L型与S型基因在不同个体之间的呈现出总量一定而相对比例此消彼长的特性。此外,COX1异质样本广泛分布于云南不同地理群体中。两组分含量的关系排除了COX1基因向细胞核基因组发生水平基因转移的假说。群体样本中COX3片段扩增结果同样存在异质性,但这种异质性为单核苷酸位点突变造成。总的来说,两个线粒体基因片段都支持该物种中存在线粒体异质性。