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油分、蛋白质和淀粉是普通玉米籽粒的主要营养成分。本研究通过SSR分子标记，利用亲本LX00-6和E28构建了278个F2∶3家系群体，并构建遗传连锁图谱，进行玉米主要品质性状的QTL分析。其研究结果如下:
1、F2∶3群体主要品质性状的正态性检验及相关性分析
F2∶3群体主要品质性状的正态性检验结果表明:F2∶3群体中不论是油分含量、蛋白质含量还是淀粉含量都属于正态性分布，符合QTL分析的要求。
品质性状相关性分析表明，F2∶3群体的油分含量与蛋白质含量呈正相关，与淀粉含量呈负相关，同时蛋白质含量与淀粉含量呈负相关且都达极显著水平，即玉米籽粒中油分含量会随着蛋白质的增加而增加，随着淀粉含量的增加而减少，同时蛋白质的含量会随着淀粉含量的增加而减少。
对F2∶3群体的油分、蛋白质和淀粉含量进行分类，结果表明，油分含量在[3％，4％)的组合占全部组合数的44.24％，在[4％，5％）的组合数占全部组合数的55.40％，而油分含量高于5％的组合数只有1个，占全部组合数的0.36％，可见玉米籽粒油分含量的常见变幅在3％-5％。蛋白质含量在[11％，12％）的组合占全部组合数的49.28％，而蛋白质含量高于14％的组合只有2个，占总组合数的0.72％，蛋白质含量低于9％的组合数只有1个，占总组合数的0.36％，可见蛋白质含量的常见变幅在10％-13％。淀粉含量的主要分布范围在71％-72％，占全部组合数的近1/2;淀粉含量高于73％的有4个，而低于69％的只有2个。说明F2∶3群体的淀粉含量分布比较集中，常见变幅在69％-73％。总的来说，不同品质性状表现连续分布。
2.遗传连锁图谱的构建
利用334对玉米SSR引物对亲本LX00-6和E28进行多态性筛选，选用了其中多态性较好的25对引物用作F2∶3群体检测，结合已知的部分引物与它们的连锁信息构建分子遗传连锁图谱（定位在除3、4、9之外的其它染色体上）。用MAPMAKER/EXP3.0软件进行分子标记连锁分析，共124个标记纳入了该连锁图中。根据标记间的距离和标记顺序，用软件Mapdraw2.0作图。该连锁图总长度1497cM，相邻两标记的平均距离为12.07cM。
3.品质性状QTL定位
以F2∶3群体构建的遗传连锁图，结合主要品质性状的检测结果，运用复合区间作图法，以LOD=2.0，对玉米主要品质性状进行全基因组QTLs扫描，在第1条染色体上检测到一个与油分含量相关的位点，表现为加性效应;并检测到两个与淀粉含量相关的QTL位点，分别位于第1、8条染色体上，表现为部分显性效应和加性效应，但是并没有发现与蛋白质含量相关的QTL位点。