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目的了解合肥市手足口病流行特征及探讨合肥市农村地区5岁以下儿童手足口病的主要危险因素,为有效控制手足口病疫情提供科学数据。方法通过合肥市疾病预防控制中心传染病上报系统,收集2008至2010年合肥市手足口病全部病例信息,对所有病例进行流行病学分析,并对部分病例进行实验室检测。同时以2009年合肥市农村地区5岁以下患儿83例作为病例组,按照儿童居住地相同、性别相同、年龄相差6个月,选择83名健康儿童作为对照组,采用电话访谈形式,对上述儿童家长进行儿童的一般情况、家庭环境及生活习惯的问卷调查。结果三年间合肥市共发生手足口病16455例,其中重症病例220例,死亡6例,且发病率逐年上升。男女比例为1.77:1。发病主要集中于5岁以下年龄组,占88.5%;人群分布以散居儿童和托幼儿童为主。4月份至7月份出现明显的发病高峰。病原学检测以EV71感染为主,阳性率达54.4%。病例对照研究中的83名病例,EV71和CoxA16的阳性率分别为40.3%和37.7%。多因素Logistc回归模型显示,散居儿童(OR=1.99, 95%CI:1.26-19.75)、监护人教育程度低(OR=3.54, 95%CI: 1.14-10.96)、发病前出现过皮疹(OR=234.93, 95%CI: 15.34-3598.11)、有手足病人接触史(OR=4.27, 95%CI: 1.92-14.81)、没有饭前便后洗手习惯(OR=3.84, 95%CI: 1.14-16.66)、居住环境有人粪堆积(OR=20.92, 95%CI: 2.18-200.04)6个因素是农村地区5岁以下儿童患手足口病的主要危险因素。结论合肥市手足口病人群、时间、病原学分布特征明显,居住环境差和生活习惯不良是农村地区5岁以下儿童手足口病的主要危险因素,相关部门可据此制定综合性干预措施。