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强调或突出台湾与大陆的历史文化联系，是以往台湾史和两岸关系史研究中最基本的学术取向；受其影响，两岸之间的管辖关系，以及历史上中原王朝对台湾的管辖形式，或多或少被忽略。事实上，台湾海峡，风涛之险，不仅未能阻止两岸的历史文化联系，而且还孕育出为应对或适应自然阻隔而设计的管辖制度。清代渡海巡台制度，即是台湾建省之前，清王朝对台湾实施的直接管辖制度。就中原王朝对台湾的直接管辖形式而言，其上承早期的“隔海遥制”，下启晚清台湾建省，可谓承前启后。本文拟在制度视角下，以清代治台政策为背景，以渡海巡台制度的演变为主线，通过对制度运作之描述与分析，揭示其性质与功能。
本文除在绪论中通过回顾相关研究成果，以启发研究动机外，共分四章。其中，第一章为切入主题之前的背景；第二、三、四章分别为清代渡海巡台制度演变的三个阶段；最后通过对清代渡海巡台制度进行整体性分析，作为本文的结论。
第一章清代渡海巡台之背景。本文重点探讨清代渡海巡台制度的演变及其功能，但在切入主题之前，也述及“七百里横洋”，不仅飓颱骤发，风信靡常，而且有黑水沟之险与鹿尔门之优等恶劣的水文、气候现象，对海防和海上交通带来的不利影响、对渡者心理造成的恐惧和由此形成的海神信仰；同时，对清代渡海巡台制度实施之前，历史上中原王朝对台湾的早期管辖形式之演变，即经由早期经略、以澎湖遥制台湾和闽台合治，及其所折射出的文化观念，进行较为详实的考证与描述。在相对潜在且相当宏观的视角下，揭示清代渡海巡台的自然，历史与文化背景，为后面的研究提供一个分析框架。
第二章巡台御史制度，即清代渡海巡台制度的初始阶段。巡台御史制度，肇建于对康熙六十年朱一贵起义的反思；而它的废止，则迎来了乾隆五十一年的林爽文起义。无论是历史巧合还是具有因果关系，巡台御史制度对清代台湾之政治、武备和文化教育等方面产生的积极影响，是可以肯定的。依据制度设计，巡台御史的职责为“沟通信息”，即推行朝廷政令，反映台湾舆情；其实际运作中则具体表现为条陈台地事宜、处理地方事务、巡阅营伍和推行教化等。巡台御史之无限权力来自皇权所赋，因此，皇权与巡台御史的疏离，福建地方官员与巡台御史的矛盾，成为巡台御史职权式微的主要原因。本章之研究，较偏重于制度的执行者巡台御史和实际执行中的制度、规则、惯例，及其运行模式，而不仅局限于成文制度的规则与运作。
第三章福建大员轮值巡台制度，即清代渡海巡台制度演变的第二阶段。福建大员轮值巡台制度，在设计上吸收了闽台合治与御史巡台两种制度的积极意义，既理顺了闽台权力运作关系，又保证了中央政策在台湾推行，清王朝对台湾的直接管辖制度由此进入常态，此后的调整与变易，甚至包括台湾建省，几乎都是在此框架内进行的。本章首先对福建大员的早期渡台活动及其影响进行分析，意在强调巡台大员在清廷制定治台政策时具有特殊的发言权。其次，通过对福建大员轮值巡台活动的考证，共有26位福建大员、31次巡视台湾；根据性质，将其初步分为循例巡台和因事巡台两类，其中，因事巡台，进一步细分为追剿海盗、平定民变、弹压械斗和招垦番地四类。最后，从台湾海峡恶劣的自然环境、福建内地的社会秩序，以及台湾镇、道职权的变化三个因素，探寻轮值巡台制度两度中断的原因。
第四章闽抚冬春驻台制度，即清代渡海巡台制度演变的第三阶段。自同治十三年沈葆桢巡台以后，历任驻台闽抚的巡台活动大都围绕开山抚番、洋务与海防徐徐展开，内地化成为清政府治台政策的本质。驻台闽抚的治台主张及其在朝廷的反应，为本章首先关注的问题。其次，由于闽抚驻台制度追求的“闽台呼应”与“事权归一”，与晚清台湾建省之初衷，在本质上是一致的；台湾建省，可谓闽抚驻台乃至渡海巡台制度演变的必然趋势，故而成为本章关注的另一个重点。当然，本章还对闽抚驻台制度的定制与沿革，作了较为详细的梳理与分析。
结论。由于此前三章进行了较为微观的阶段性研究，最后通过整体性分析，得出如下结论：第一，清代渡海巡台制度，为清政府对台湾实行的直接管辖制度：清王朝通过渡海巡台制度在认识台湾、沟通信息、制定或调整治台政策，以及维持政权存续之功能，实现和加强了对台湾的直接管辖。第二，清代渡海巡台制度的实施动因系台湾重大事件之刺激，实质则是顺应台湾社会变迁和移民垦殖之柘展而作的渐次调整，表现为内地化、过渡性和被动性特征。第三，台湾海峡的自然阻隔、制度自身缺陷，以及重陆轻海观念影响和制约了清代渡海巡台制度的功能，表明清代渡海巡台制度是陆权时代的管辖制度；进入海权时代，若不能取得台湾海峡的制海权，其功能是十分有限的。