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金莲木科包括27属约500余种，主要分布在热带地区，特别是新世界热带地区，中国有3属4种。合柱金莲木是合柱金莲木属中的中国特有种，仅分布于广东和广西境内，它对该科植物的谱系分析和植物地理学研究具有很重要意义。合柱金莲木对生境要求比较严格，一般分布在海拔400-800米的森林溪边。由于合柱金莲木具有药用价值，造成种群中大量个体被采伐，同时毁林致使它的生境消失，这些人为破坏使得该物种的生存受到威胁，现已经被列为国家一级保护濒危物种。
濒危物种的种群数量一般都比较小，因此它们现有种群的遗传信息对该物种遗传多样性保护和种群恢复显得尤为重要。但是，到目前为止，未见到有关合柱金莲木遗传多样性的报导。因此，为了保护合柱金莲木，恢复它的种群大小免于灭绝，急需对它现存种群遗传多样性进行评价，并其合理保护提供遗传信息基础。
本研究筛选到8对具有多态性的合柱金莲木微卫星位点，且这8对引物相互间不连锁，说明它们彼此之间是相互独立的，这为下一步的遗传多样性研究奠定基础。本研究对来自于广西壮族自治区和广东省的6个种群227个个体进行遗传评价。其主要结果如下。
(1)合柱金莲木的遗传多样性低，平均Ho=0.069，平均He=0.186。
(2)瓶颈效应分析显示6个种群中有5个种群显著经历瓶颈效应，表明这5个种群经历了有效种群个体数量的减少。
(3)所有种群严重近交，近交系数为0.444到0.948。
(4)分子方差分析表明73％的遗传变异是来源于种群间，而种群内只有27%，而且种群间的遗传分化很大，说明种群是显著遗传隔离。
(5)聚类分析和遗传结构分析结果都表明广西泗涧林场可能是合柱金莲木的冰期避难所。在间冰期，种群经水流传播扩散种群。
(6)合柱金莲木的进化历史和人为因素共同作用形成了当前的分布格局和遗传结构。
根据以上结果提出保护建议：对每个种群都实行迁地和就地保护的措施，对种群SJX实施优先保护措施；增加种群中的个体量以抵抗自然灾害破坏；尽可能保护现存的基因型；加强对合柱金莲木的种子传播方式、花粉、种子库和种群生境恢复的研究。