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胃癌是世界上常见的肿瘤之一，胃癌的发生、发展过程中有着复杂的遗传学和分子水平改变，其发病机制尚不明确。为了更深入了解胃癌发生、发展过程中可能的分子机制，以及识别新的分子标志物，我们选择了经过严格病理检查后的29对胃癌和癌旁配对组织，应用激光显微切割技术获得高纯度胃癌细胞和癌旁正常细胞，应用外显子基因表达谱芯片、比较基因组杂交芯片和microRNA芯片从基因组的组学角度检测了胃癌的表达谱、基因组拷贝数变化和microRNA表达谱，并应用定量PCR技术进行了芯片结果的验证。基因表达谱分析发现了388个有普遍性的胃癌和癌旁差异表达基因，涉及细胞周期、血管生成等关键生物学过程。
结合临床病理信息分析，发现SERPINE2 在无淋巴结或远端转移的样本中的表达比正常组织明显降低，而在淋巴结或远端转移的样本中的表达则明显升高。比较基因组杂交芯片进行的拷贝数变异分析发现了6676个拷贝数变异区段，结合表达谱数据鉴定了1011个受拷贝数变异影响的基因。通过生物信息学综合分析归纳出Plau-Jak-Stat、Wnt、NF-κB、Rtk-Ras-PI3k-Akt4个与胃癌密切相关的信号通路，其中Plau-Jak-Stat通路可能与胃癌的转移潜力相关。microRNA表达谱分析识别了43个胃癌和癌旁差异表达的microRNA，对它们的作用靶基因分析表明涉及多种肿瘤的信号通路，结合临床病理信息分析，发现miR-150在中低分化或中分化样本中表达比正常组织明显降低，而在低分化样本中的表达则明显升高。发现了胃癌组织中存在miR-17-92簇的过表达，综合拷贝数变异数据和基因表达谱数据分析，该现象可能由于胃癌样本中的该区段基因组的拷贝数增加所致。通过多种芯片平台的综合分析，本研究揭示了一系列胃癌相关的基因组学改变，为理解胃癌的发生、发展机制以及研发诊断、判断预后的分子标志物和治疗靶标奠定了基础。