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MicroRNA(miRNA)是一类调节基因转录后表达中起重要作用的非编码RNA。普通野生稻(Oryza rufipogon Griff.)是栽培稻的近缘祖先,是改良栽培稻的重要种质资源。为了揭示普通野生稻向栽培稻驯化过程中miRNA的变化,并克隆普通野生稻中的miRNA,本研究利用Illumina测序技术对海南万宁普通野生稻小RNA文库进行了分离、鉴定及表达分析,对本项研究中发现的只在普通野生稻中出现的miRNA构建植物表达载体,转化水稻品种日本晴,为普通野生稻中miRNA的功能分析打下基础。主要研究结果如下:1.小RNA文库高通量测序数据分析利用Illumina高通量测序平台,分析了普通野生稻小RNA文库,共得到高质量序列8558370个,共2307484种;通过对所有的sRNA序列Blastn比对miRNA数据库(miRBase15.0)中已知的miRNA,在普通野生稻中发现了属于25个家族的104种保守的miRNAs,对比了它们在栽培稻中表达情况的异同;对普通野生稻测到次数最多的前四位:miR156,miR168,miR528,miR166,不同于水稻高通量测序的保守miRNA家族的前四位:miR169, miR156, miR168, miR172;发现215个水稻中特异的miRNA,属于78个家族;经UNAFOLD分析预测,353个小RNA对应的水稻基因组序列能形成发卡环二级结构,进一步通过是否有互补链miRNA*存在及二级结构自由能分析,得到了23个新的miRNA;对23个新的miRNA进行靶基因预测,共发现11个新的miRNA有17个靶基因。2.候选新miRNA的实验鉴定提取普通野生稻小分子量RNA,利用改进的茎环引物反转录PCR进一步对能形成发卡环二级结构的353个预测的小RNA序列进行了表达分析,结果发现除了确定的有互补链miRNA*存在23个新的miRNA,还有32个序列通过茎环引物反转录之后PCR扩增,连接到克隆载体,测序得到了目的序列片段,说明这32个序列在普通野生稻中有表达,可能也是新的miRNA。对这32个可能的新miRNA进行靶基因预测,23个预测到了靶基因序列。3.新miRNA的表达分析及转化栽培稻日本晴利用RT-PCR检测了CWR-miR28,CWR-miR61,CWR-miR64,CWR-miR68,CWR-miR153,CWR-miR200,CWR-miR264,CWR-miR308在普通野生稻中的表达情况。所有的检测对象在所有部位都有表达,CWR-miR28,CWR-miR153,CWR-miR264在根,茎,叶中表达量相当。其它的在不同部位表达有差异。将23个新的miRNA构建过表达载体,通过农杆菌介导法转化栽培稻日本晴,得到了抗性愈伤,为进一步功能分析打下了基础。