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随着我国财政预算管理体制改革深入推进,公共财政服务体系框架初步形成,专项资金绩效评价也随之成为预算管理的核心内容之一。建立一套科学度量专项资金支出绩效评价体系,是评价和衡量专项资金支出效益的基础,其结果是资金管理部门科学配置资金的重要参考依据。高等教育专项资金在财政公共支出中所占的比例较大,且比重逐年上升,而省级高等教育专项资金在全国高等教育财政专项资金支出中又占有绝大的比重。因此,无数的专家、学者对加强省级高等教育专项资金支出绩效进行研究,力图开辟一条新的道路,这无疑会对整个专项资金支出管理理论研究和实践发生重大影响。西方国家在20世纪50年代就开始研究高等教育专项资金支出绩效评价了,英国、荷兰、澳大利亚和美国的一些州的政府主管部门组织对高校专项资金支出进行了定性、定量指标的绩效评价,并将评价结果作为财政资源分配的重要因素之一。我国对此项工作的研究刚刚起步,全国人大明确提出要建立财政资金绩效评价体系的要求,财政部、教育部对此高度重视,教科文系统在全国率先展开了探索性的实践,积累了一些经验。因工作尚处于初始阶段,故而不可避免的表现出很多不成熟的地方,主要表现在过多的关注定性分析,缺乏定量分析；过多的关注一般性方法、原则和理论的研究而忽略了具可操作性的,有现实意义的指标体系构建、信息及分析系统的建设等。政府和理论界均没有一套成熟、易于操作,结果准确的评价指标体系和评价手段。本文分析了高等教育专项资金管理引入绩效评价的宏观背景,简要阐述了国内外研究和实践的现状和不足,绩效评价所遵循的“3E”原则等理论基础,借鉴层次分析、网络分析、杜邦分析法等财务基本分析方法,构建省级高等教育专项资金支出绩效评价指标体系,对云南省2010年省级高等教育发展专项资金进行了试评价。试图在绩效评价方法有所创新,从三言两语的定性描述过渡到精确的量化标准,以及指标间相互影响程度,将指标体系从一维平面表格形式变成多层次、多方位又相互联系相互影响的体系。本文建立的指标体系主要是在项目立项预算阶段对单个项目进行评价,这个项目可能还有子项目,如文中的云南省高等教育发展专项资金就包含科技创新、重点学科建设、人才培养、对外交流等等相互关联的很多子项目。通过指标体系测算出同一资金不同方案对指标体系中敏感指标增量的多少来指导资源的分配,提高资源的使用效率,为项目预算论证和执行过程及产生的效果进行量化评价提供数据基础。所有这些计算的基础是各个高校的实际状况与规划中国家、行业、法律法规的差距,专项资金的投入就是要最有效的缩小这些差距。我们如果能将高等教育专项资金的评价体系和方法推广到职业教育专项资金、民办教育专项资金、基础教育专项资金等,将可以综合反映和指导全省教育财政资金的有效配置,并反映出政府在教育投入中的努力程度。若将该体系用于单个高校,也同样可以反映出一个高校多个项目评价结果计算出来的综合评价结果,具有多重现实意义。