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本文以红核桃品种资源红瓤核桃和普通绿核桃的叶片和果皮为材料,对叶片和果皮花青苷成分及含量进行了测定;通过比较转录组技术分析了两品种的叶片和果皮在不同发育阶段与花青苷合成的差异表达酶基因与转录因子;并对其进行了验证。主要研究结果如下:1.建立超高效液相色谱-二极管阵列检测器串联质谱(UPLC-PDA-MS/MS)定性和定量检测方法,对不同时期的红瓤核桃和普通绿核桃的叶片及果皮提取物进行了初步分析。结果表明:从‘红瓤核桃’叶片中检测出飞燕草-3-O-半乳糖苷等8种花青苷,不同时期的叶片中花青苷类物质组分和含量差异显著。在红瓤核桃果皮中仅仅检测到飞燕草素-3-O-葡萄糖苷。在普通绿核桃的叶片和果皮中,均未检测到花青苷的存在。2.利用Illumina Hiseq 2500测序平台对红瓤核桃和普通绿核桃叶片、果皮分别进行转录组测序。在叶片中测序获得544,888,472raw reads,基因注释发现,共计30,648条genes(95.98%)得到了功能注释,其中共有19,520条genes映射到GO不同的节点。有17,701条genes被归类到26个COG功能类别中,通过KEGG代谢通路分析发现,7,477条genes参与了242个生物学途径。在果皮中,测序获得423,238,369 raw reads,基因功能注释结果发现,共计29,370条genes(96.47%)得到了功能注释,其中共有19,080条genes映射到GO不同的节点。有17,389条genes被归类到26个COG功能类别中,通过KEGG代谢通路分析发现,7,369条genes参与了242个生物学途径。3.利用表达谱对红瓤核桃花青苷生物合成途径相关基因的表达进行分析,结果表明,在红瓤核桃与普通绿核桃叶片发育过程中,红瓤核桃PAL、4CL、F3H、F3’5’H、DFR、ANS和UFGT基因较绿核桃叶片呈上调表达模式。与此同时,红瓤核桃与普通绿核桃果皮中,红瓤核桃4CL、CHS、F3H、F3’5’H、DFR、ANS和UFGT基因的表达量较绿核桃呈上调表达模式,叶片中编码CHS基因的Jrgene4994和果皮中编码PAL基因的Jrgene11958在绿核桃的转录水平的含量明显高于红瓤核桃,这与其他基因的转录水平模式相反。此外,在叶片中筛选出3个MYB、2个bHLH和2个WD40转录因子,在果皮中筛选出3个MYB、2个bHLH和3个WD40转录因子可能与花青苷的生物合成相关。采用qRT-PCR对叶片中15个酶基因与转录因子和果皮中15个酶基因和转录因子进行了表达验证,结果表明qRT-PCR结果与转录组测序技术结果基本一致。