【摘 要】
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目的：通过高通量转录组测序筛选出结肠癌发生相关基因及基因所在信号通路,为结肠癌发生发展的机制研究、早期诊断、靶向治疗和预后等提供理论基础,为高通量测序技术在医学中的
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目的：通过高通量转录组测序筛选出结肠癌发生相关基因及基因所在信号通路,为结肠癌发生发展的机制研究、早期诊断、靶向治疗和预后等提供理论基础,为高通量测序技术在医学中的应用提供研究基础。方法：1.从结肠癌和癌旁组织中抽提总RNA并构建文库；2.利用高通量Illumina Nextseq 500测序平台进行样本的转录组测序,并对原始数据进行整理、过滤及质量评估；3.通过对转录组测序结果进行参考基因组注释、eggNOG分类分析、差异基因GO/KEGG富集分析、聚类分析等,找出与结肠癌发生发展相关的关键基因。结果：1.利用高通量转录组测序技术,筛选出1020个差异表达基因,其中634个上调差异基因,386个下调差异基因。2.通过分析发现,大部分差异表达基因参与了信号转导机制,它们涉及216条信号通路,包含差异基因最多的是代谢通路,其次是肿瘤中的信号通路。其中有23个差异基因与肿瘤发生发展密切相关,主要包括TCF-1、AC、PPFP、TRAFs、 PKC、Wnt、Survivin、Axin、LEF-1、ECM、Glut1、TCF-7等,它们都与分子功能、细胞组成、细胞、生物过程等有关。肿瘤中的信号通路主要有PI3K-Akt、 MAPK、p53、Wnt、TGFβ、cAMP和PPAR信号通路等,前五个也是结肠癌中主要的信号通路。结论：本实验中寻找出23个与肿瘤发生密切相关基因,并首次发现TCF-1、AC、PPFP、TRAFS、PKC等5个肿瘤发生相关基因,在此前文献中均未见报道它们与结肠癌相关,可能会是结肠癌发生发展,并且可能是治疗和预后新的生物标记物。
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