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本研究将正交设计与单因子试验相结合,建立了大麻哈鱼SRAP-PCR优化反应体系:在15μL反应液中,Taq DNA聚合酶0.75U,引物浓度O.3μmol/L, dNTPs浓度0.3mmol/L, Mg2+浓度2.5mmol/L, DNA模板100ng。利用该体系对大麻哈鱼四个群体(绥芬河野生群体、绥芬河养殖群体、抚远野生群体、抚远养殖群体)进行遗传多样性分析,从100对引物组合中筛选出47组条带清晰、多态性丰富的组合,不同引物组合检测位点数5-14不等。在大麻哈鱼四个群体中共检测到381个位点,其中多态位点281个,多态座位比例(P)73.75%,显示了较高的多态性,表明大麻哈鱼群体遗传多样性丰富,种质资源好。四个群体的多态位点比例由高到低依次为:绥芬河野生群体(62.20%)>抚远野生群体(58.27%)>抚远养殖群体(52.76%)>绥芬河养殖群体(51.97%); Shannon’s信息指数(I)水平由高到低依次为:绥芬河野生群体(0.3493)>抚远野生群体(0.3354)>抚远养殖群体(0.3080)>绥芬河养殖群体(0.2738)。这两方面数据均表明,大麻哈鱼野生群体的遗传多样性相对高于养殖群体,可见鱼类的生存环境与其遗传多样性是相关联的。采用同工酶标记对大麻哈鱼群体遗传多样性进行研究,所得结果与SRAP标记结果一致,从蛋白质水平上验证了SRAP研究结果的科学性和准确性。两种方法在不同水平上进行遗传多样性分析,从不同角度对大麻哈鱼群体遗传多样性做出更为科学全面的评价。