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随着市场经济改革的深入发展，国立科研单位的科研活动需要从外部获取资源，科技成果需要靠市场转化为生产力。因此，进行投入产出管理，开展内部经济核算，是我国经济体制和科技制度改革的必然要求。近年来，我国对国立科研单位的会计制度进行了多次改革，1997年推出了以西方会计为基础、将成本费用分为期间费用、直接成本、间接成本的会计制度，并形成了沿用至今的科研单位成本核算的基本制度体系；2002年国家规定实行课题核算制，进行成本核算，形成了基本会计制度和专项经费管理办法共同规范科研单位成本核算工作的局面，但在实践中逐渐暴露出成本核算不规范、相互矛盾等问题。因此，开展我国国立科研单位成本核算体系研究，对于改进科研单位管理、促进科技活动产出具有重要的意义。
本文在对国内外国立科研单位成本核算现状分析的基础上，探讨了目前我国国立科研单位存在的问题；在此基础上给出了我国国立科研单位成本核算的基本框架，主要包括国立科研单位合适的成本核算对象、成本费用的范围、成本费用与基本支出预算的关系、成本费用归集的程序以及费用分摊的原则和方法等，并给出了成本核算的配套制度；最后用案例说明了本文提出的框架体系的应用过程。
本文所提出的成本核算体系对改变我国现行国立科研单位成本核算中成本费用分摊不规范、成本核算对象不正确以及会计信息失真等问题具有重要的现实意义；同时，研究、探索建立健全规范的国立研究单位成本核算体系，对于改变会计理论界长期形成的事业单位的不完全、不严格成本核算的传统看法具有一定的理论指导意义。