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为了弄清南鹿列岛海域水体环境现状，为该海域海洋自然保护区的健康发展提供决策支持，于2006年4月至2007年3月，对南麂列岛附近海域的水体环境进行了现场调查和室内分析，研究了南麂列岛附近海域表、底层海水中营养盐、溶解氧、叶绿素a等环境因子的时空分布特征，探讨了该海域浮游植物群落的结构特征及其与环境因子间的关系，同时对2007年5月至6月发生的赤潮事件做了初步分析。调查结果表明，南麂列岛海域表底层海水中叶绿素含量季节性分布明显，夏秋季高于春冬季，从总体上看，表层海水中叶绿素含量高于底层。表层海水温度在10.3—29.5℃之间，全年均值19.6℃。表层海水的盐度范围26.627—33.803，全年均值30.473，其中东南海域的盐度普遍较高。营养盐的含量普遍是秋冬季高于春夏季，表、底层的营养盐含量差异不大，岛屿附近养殖区的营养盐含量则与其他海区有较大差别，说明人为活动以及养殖活动对水环境有很大的影响。以海水营养盐水平对各采样站点的聚类分析显示，整个海域可分为4个不同的类别，西部海域、东南海域、北部海域、近岛海区，它们的营养盐水平不尽相同。叶绿素a与水温之间有显著的正相关关系，与无机氮、磷酸盐、硝酸盐之间有显著的负相关关系。
本次调查共鉴定出浮游植物94种，其中硅藻31属67种，占总数的71.3％，甲藻11属21种，其他4属6种。硅藻中以角毛藻属(Chaetoceros spp.)出现种类最多，甲藻中以角藻属(Ceratium spp.)出现种类最多。全年优势种组成丰富，硅藻中的中肋骨条藻在全年广泛分布。5月、8月群落多样性水平偏低，秋末冬初之际群落多样性水平较高。
调查海区浮游植物总细胞数的空间分布差别较大，浮游植物一般大量分布在表层水体。甲藻在5月出现峰值，硅藻在8月、10月出现峰值。浮游植物细胞数量的对数值与水温、营养盐、叶绿素a含量有明显的正相关关系，与无机氮、磷酸盐、硝酸盐含量有明显的负相关关系。本调查结果可作为相关部门制定该海域有害赤潮监测和管理方案的参考依据。