从mtDNA控制区部分序列探讨勺鸡种群的遗传结构

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勺鸡(Pucrasiamacrolopha)属鸡形目,勺鸡属,国家二级重点保护动物,目前正面临着栖息地丧失和人类活动的严重威胁。为了有效保护该物种,必须全面了解种群的结构、进化历史和分布区内的遗传多样性。 本研究采用非损伤性取样方法,从馆藏勺鸡剥制标本的皮肤组织和羽毛中抽提总DNA,并扩增mtDNA控制区548bp基因片段作为分子标记。抽提步骤参照真核基因组DNA提取方法,消化前用无水乙醇和浸泡液浸泡皮肤组织和羽毛。这种预处理既有效去除了标本表面的污染,又缩短消化时间、提高消化效率。从两个地理单元种群的10个标本(金寨种群8个标本,皖南种群2个标本)和金寨种群的一个新鲜样中成功扩增出mtDNA控制区548bp基因片段,经测序和比对,有18个变异位点,12个转换,6个颠换,一个缺失位点。两个地理单元间存在8种单倍型,其中金寨地理种群有6种单倍型,单倍型多态性为0.67,核苷酸多态性为0.00335±0.00104;皖南地理种群有2种单倍型,单倍型多态性为1.000,核苷酸多态性为0.01825±0.00912,各地理单元间不存在共享的单倍型。进一步研究表明,82.36%遗传差异发生在地理单元间,17.64%的遗传差异发生在地理单元内。两种群的基因流为(Nm)0.6,地理单元间分化水平Fst(F-statistics)为0.292,表明两个种群分化水平不高,种群间的遗传分化不明显(P>0.1,FuFs=-1.38389),推测勺鸡种群可能受第四纪冰期的影响,经历了近期的遗传变异。从NJ、MP树分析,皖南种群由金寨种群演化而来,这也与其他学者从形态学角度推测的结果一致,勺鸡可能由单纹组(指名亚种)转化为双纹组,进而转化为四纹组,金寨种群属于双纹组,皖南种群属于四纹组。
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