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本研究通过16S rDNA-PCR RFLP分析、16S rDNA全序列分析、回接实验及共生基因（nodA）检测等技术，对分离自云南、海南及广东等地区的205株土壤根瘤菌进行物种多样性及其分布研究。16S rDNA-PCR RFLP分析结果表明，205株供试菌株在63％的相似性水平上分为2个群(群A和群B)，群A为α-Rhizobia，群B为β-Rhizobia。群A有168株供试菌株及根瘤菌属（Rhizobium）、中华根瘤菌属（Sinorhizobium）、慢生根瘤菌属（Bradyrhizobium）和中慢生根瘤菌属（Mersorhizobium）等参比菌株，其中95株供试菌与根瘤菌属（Rhizobium）参比菌聚群、65株供试菌与中华根瘤菌属（Sinorhizobium）参比菌聚群及7株供试菌与中慢生根瘤菌属（Mersorhizobium）的参比菌株聚群；群B包括37株供试菌株及贪铜菌属（Cupriavidus）和伯克霍尔德属（Burkholderia）参比菌株，其中25株供试菌与贪铜菌属（Cupriavidus）参比菌株聚群，12株供试菌与伯克霍尔德属（Burkholderia）参比菌聚群。依据16S rDNA-PCR RFLP分析结果，挑选了32株供试菌株进行16S rDNA全序列测定及系统发育分析，结果表明23株供试菌株归属于α-Rhizobia，9株供试菌株归属为β-Rhizobia。在α-Rhizobia中，菌株S293201等11株供试菌株位于中华根瘤菌属（Sinorhizobium）系统发育分支，菌株S363202等7株供试菌株位于根瘤菌属（Rhizobium）系统发育分支，这两个属的菌株在云南、海南及广东省等地区均有分布；来源于云南省的菌株S741301和S322301位于中慢生根瘤菌（Mersorhizobium）系统发育分支；分离自海南省的菌株S813307和S817105分别归属于叶瘤杆菌属（Phyllobacterium）和苍白杆菌属(Ochrobactrum)；菌株S741101归属为慢生根瘤菌属（Bradyrhizobium）,该菌来源于云南省。在β-Rhizobia中，4株供试菌株位于伯克霍尔德菌属(Burkholderia)系统发育分支，其中3株菌分离自云南省，1株菌分离自海南省；分离自云南省的5株供试菌株归属于贪铜菌属（Cupriavidus）。选择上述32株测序菌株进行回接实验，回接实验结果表明只有菌株S322101能够与含羞草结瘤，该菌归属为伯克霍尔德菌属(Burkholderia)。研究表明结瘤过程中含羞草优先选择与β-Rhizobia结瘤。通过检测根瘤菌的共生基因（nodA）来探究本实验中β-Rhizobia没有结瘤的原因，结果发现只有菌株S322101具有共生基因（nodA），因此，初步确定β-Rhizobia不结瘤可能是由于共生基因（nodA）丢失而造成的。采用凯氏定氮法及Bray法等对土壤样品的全氮、有效磷、速效钾和含水量进行测定，将测定的结果与根瘤菌菌群分布数量相结合，经Canoco4.5软件分析后发现，这4个指标中含水量对根瘤菌种群数量的分布的影响最为显著，其影响力占这4个指标总的影响力的41.9％，其次为土壤氮含量，占这4个指标总的影响力的26.1％，有效磷的影响力最小，仅为0.4％。此外，通过分析贪铜菌属、伯克霍尔德菌属、中华根瘤菌属及根瘤菌属根瘤菌分布地区的土壤因子与土壤中各属根瘤菌菌群分布之间的相互关系，结果发现不同类群根瘤菌分布的土壤中土壤因子含量有所不同，在上述4个属根瘤菌中，伯克霍尔德菌属根瘤菌分布的土壤中含水量、有效磷及全氮含量均最高，速效钾含量仅低于贪铜菌属根瘤菌；贪铜菌属根瘤菌分布的土壤中含水量及速效钾含量最高，全氮含量仅低于伯克霍尔德菌属根瘤菌，而有效磷含量最低；中华根瘤菌属根瘤菌分布的土壤中含水量和全氮含量均最低，有效磷含量仅低于伯克霍尔德菌属根瘤菌，速效钾含量仅高于根瘤菌属根瘤菌；根瘤菌属根瘤菌分布的土壤中速效钾含量低，含水量及全氮含量均高于中华根瘤菌属根瘤菌，而有效磷含量则低于中华根瘤菌属根瘤菌。