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本文以全国31个省的省级数据为基础，运用数据包络分析方法对2007-2009三年间各地区新农合的制度效率进行评估，得出了各个地区的相对效率值，并通过对效率值进行分解和对各投入产出变量进行松弛情况分析试图寻找影响各地区效率值的原因和改进的方向，除此之外，本文还引入了环境变量运用面板数据的实证方法对影响效率值的因素进行了较为详细的分析，最终综合所有的分析提出了一些改善新农合制度效率的建议。本文研究的基本结论是：中国的新型农村合作医疗实施的较为顺利和成功，平均相对技术效率分数大约为0.869，且效率从2007到2009年逐年递增；不管对于东部还是中西部地区，纯技术低效率是总体低效率的主要来源，因此就中国的新农合整体而言都要注重于经营管理效率的提高，而且通过总技术效率的分解发现，东部与中西部地区的分解情况有所不同，因此各地区应该根据本地区的情况来采取相应改进措施。此外还发现，当地政府总体卫生投入情况、当地农业化状况、当地总体医疗服务水平、当地居民健康状况以及当地人口老龄状况等因素对新型农村合作医疗的实施效果都有着举足轻重的作用，因此在新农合的实践工作中应该充分考虑到这些因素的差异并采取相应措以使新农合发挥更好的效果。