基于生物信息学的学科知识网络及其应用研究

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学科知识管理中涉及到两类不同层面的知识:一是专业知识,这是通常意义上的学科知识,即关于学科研究对象的知识。二是专业知识的元知识,即关于专业知识的知识。这两类知识既有区别又有联系。专业知识以各种形态,包括图书、杂志、网页、数据库等来记载。面对浩如烟海的学科知识,我们需要那些关于知识的知识,从而有效地查找、学习与利用专业知识。所以,学科知识管理系统中需要管理这两类不同性质的知识。当前尤其要关注后一种知识的管理。学科知识网络正是管理这两种不同性质的专业知识的实施方案。   知识网络具有高效、便捷、低成本、跨时空的特点,通过各种多元化、智能化的主动推送服务使得知识网络中的知识资源利用最大化。学科知识网络研究的是知识元素的学科属性及相关性。学科知识网络是对知识要素进行分析、对知识因子进行重组,去粗存精,去伪存真,由表及里,由此及彼进行分析和整序,删除不必要的关联,改变不恰当的关联,学科知识网络将按因子进行有序的关联排列,形成某一领域的知识多维网状结构。本研究的目的是将知识网络引入学科的知识管理实践,建立了生物信息学学科知识网络。并进行了学科知识服务及评价的实证研究。   本研究采用的主要方法为文献计量学方法、数学方法、图论方法和调查法,其中调查法包括文献调研、案例调研和用户调研。   本研究以生物信息学为例,从知识网络的微观层面上进行了基础研究与实践探讨,建立了学科知识网络的结构模型和框架,并且应用于生物信息学学科知识服务和知识评价的实践。   本研究通过文献调研总结出了学科知识网络的理论基础为知识场理论、知识生命周期理论、知识链接理论和知识地图理论。学科知识网络是由学科知识元素组成的知识节点和知识关联(知识链接)构成的网络状知识体系。也就是说以特定学科领域内的知识单元作为节点,以知识单元之间的关联作为边或者链而构成的网络称为学科知识网络。本研究建立的生物信息学知识网络不仅是一个知识资源的组织框架,还是一个知识的浏览和检索的具体知识数据实体。作为构成学科知识网络的知识单元——学科知识单元,除了具有知识单元的共性以外还有其独特的属性——离散分布性和相关性。学科知识网络是知识网络的一种类型,其除了具备知识网络的一切属性之外,还有其特有的属性——知识场分布性、相对真伪性和有序性。   本研究的生物信息学知识网络的结构由三大模块组成:知识分类模块、知识检索模块和知识报导模块。与中国知网相比较,以图论为指导,提出了较为新颖的分类方法,有其独特的创新之处。同时,在复杂网络理论的指导下,对生物信息学知识网络中所蕴含的药物基因组学合作网络的统计学性质进行了计算和揭示   本研究通过调查法将生物信息学知识网络服务于实践,实现了服务功能。在服务过程中,生物信息学知识网络强化了生物信息学的知识挖掘,主要表现在其独特的引文链接功能、相关文献链接功能和相关知识元链接功能。   本研究通过文献计量学方法和数学方法将生物信息学知识网络用于知识评价,实现了评价功能。本研究首次将基于学科知识分布的评价模式、基于引证数据的评价模式和基于引证状态的评价模式作为学科知识网络科学评价功能的实现模式。首次引入了知识场密度梯度理论,进行了生物信息学核心期刊的界定;引入H指数进行生物信息学新刊比较和生物信息学核心论文集——Hirsch核心集的确定;同时以灰色理论对生物信息学的未来论文数量进行预测。   本研究从理论上对学科知识网络的微观层面进行了探寻,总结出了学科知识网络的理论基础;在实践上,通过生物信息学知识网络的构建,论证了学科知识网络进行学科知识管理的可行性;在应用上,阐述了学科知识网络在学科知识管理中的实用性。总之,学科知识网络顺应了知识经济的发展和知识管理的需要。顺应了知识创新和知识共享的需要,实现了信息服务向知识服务的转化,更新了学科知识服务的模式和评价标准。本研究建立的生物信息学知识网络实现了生物信息学的知识重组,建构了生物信息学的知识分类与知识标引体系,揭示了生物信息学知识网状结构,体现了复杂网络所具备的统计学性质,满足了专业用户的知识需求,完善了生物信息学知识评价系统。一言以蔽之,学科知识网络是学科知识管理的最佳解决方案。
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