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猪繁殖与呼吸综合征是对养猪业危害很大的传染性疾病。本研究旨在了解我国华南地区猪繁殖与呼吸综合征的流行现状及病毒的遗传变异情况，并确定流行毒株分型地位，为防控该病提供理论依据。本篇论文调查和研究的内容主要分为以下几个部分： 1、华南地区PRRS流行病学调查及ORF5和Nsp2基因遗传进化分析 对2015年期间华南及其附近地区PRRSV血清学和分子流行情况进行了调查和分析。结果显示：华南地区各区域抗体阳性率差异不显著，不同阶段猪抗体阳性率差异不显著，不同月份差异也不显著，但抗体阳性率均高于60％。抗原检测结果显示：华南及周边地区PRRSV抗原检测均有阳性，但不同地区的PRRSV抗原阳性率有所差异；本实验18个毒株的Nsp2区域部分测序氨基酸序列比对结果显示：有16个变异较少，与毒株JXA1相似，其氨基酸同源性为91.4%~97.5%；有1个与QYYZ相似，其氨基酸同源性为88.9%；有1个在470aa~515aa处存在44个氨基酸连续缺失，其氨基酸同源性较高的是CH-1a(80.1%)；本研究所测得18个毒株ORF5序列有16个位于以JXA1为代表的高致病性毒株分支，其氨基酸同源性95.0%~99.5%；有2个位于以VR-2332和CH-1a为代表的大的分支下面的一个小分支，与我国的QYYZ毒株相近，其氨基酸同源性分别为95.0%和96.0%。 2、华南地区种公猪PRRSV分子流行病学调查分析 采用ELISA诊断试剂盒和RT-PCR方法对来自华南及周边地区的种猪场的367份种公猪血清进行抗原抗体检测，对66份阳性样品的Nsp2和ORF5基因进行扩增，测序以及遗传进化分析。结果显示：华南地区的广东省和广西省的28个场的332份血清样品，有23个场217份抗体阳性，10个场66份抗原阳性；福建省和浙江省3个场35份血清，有1个场9份抗体阳性，0个抗原阳性；66个Nsp2序列推导的氨基酸序列有2个是在介于VR2332和CH-1a之间的分支，其余64个在以JXA1为代表的高致病性毒株分支，其氨基酸同源性最低为77.4%，最高为98.1%；66个ORF5序列推导的氨基酸序列均在以JXA1为代表的高致病性毒株分支，其氨基酸同源性最低为93.0%，最高为98.5%。 3、猪蓝耳病病毒HY毒株的分离纯化及全基因组测序分析 为了更加深入地了解华南地区PRRSV流行毒株的情况，本试验利用噬斑纯化出HY毒株，对其全基因序列分段扩增，最后将其与国内外分离的毒株进行核苷酸序列对比分析。结果显示：HY株与欧洲株Lelystad virus的全基因组核苷酸相似性最低为60.2%，与NADC30全基因组核苷酸相似性为84.6%，与VR-2332的全基因组核苷酸相似性为89.6%，与国内早期分离毒株CH-1a的核苷酸相似性为95.1%，与我国高致病性毒株JXA1全基因组核苷酸相似性为99.1%，与我国河南分离株TJbd14-1相似性最高为99.8%。