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动物机体是由宿主和肠道微生物构成的“超级生物”。已有研究证明，动物机体所表现出来的许多生理性状，甚至糖尿病、高血压、肥胖等一些慢性疾病都与肠道微生物有关，宿主和肠道微生物之间存在着复杂的共生共代谢关系。尽管如此，宿主-肠道微生物互作的特点和规律还不是很清楚。实验以根据鸡56日龄体重进行了54代选育且体重差异已达到10倍之多的双向选择家系为研究对象，采用下一代高通量测序技术对60只双向选择家系个体的肠道微生物进行了检测分析。实验结果显示，在鸡双向选择家系肠道内共检测到190种微生物菌种，其中68个菌种受家系、性别及其互作效应影响而呈现显著性差异（P<0.05）。进一步统计分析显示，在高体重家系和低体重家系间有29个菌种存在显著差异（P<0.05）；在不同性别间有48个菌种存在显著差异（P<0.05）。非常有趣的是，这些差异菌种中15个菌种属于被人类视为有益生作用的乳酸菌。实验结果表明：（1）在同一饲料和饲养环境条件下，当宿主基因型发生改变时，肠道微生物组成也会发生相应改变；（2）在同一饲料和饲养环境条件下，尽管宿主基因型一致，不同性别之间在肠道微生物组成上也存在显著差异。研究认为：鸡双向选择家系是进行动物肠道微生物宏基因组学研究的理想模型；该结果将对包括人类在内的动物宿主同肠道微生物共生共代谢特点和规律研究提供基本参考。