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线粒体DNA（mtDNA）具有拷贝丰富，进化速率快，基本不发生重组，基因组为单倍体并且遵循母系遗传等特点。长久以来，均认为线粒体系母系遗传，即使存在父系渗漏也会被体内相应机制清除，所以单个个体内存在的线粒体为一套完全一致的基因型。然而随着对线粒体研究的深入，发现不仅在人体内有线粒体突变，在其他动物诸如昆虫中也存在线粒体异质性。 mtDNA由于其进化速率快等特点，使其广泛应用于系统发育研究和种群水平的分析。然而，线粒体异质性的存在，使人们对线粒体作为分子标记应用于系统发育分析、物种鉴定及种群遗传学分析的可靠性提出了质疑。因此，本文以榕小蜂为材料、群落为单位，对线粒体异质性存在的广度和单头个体内所存在的水平进行详细研究，除了简单的克隆测序等技术，本实验中采用454高通量测序，获取了大量基于DNA条形码所设计的基因片段的数据。本文以对叶榕榕小蜂和垂叶榕榕小蜂全基因组为模板进行目的片段PCR、纯化、转化、克隆、测序以及数据分析可知大多数物种的线粒体异质性水平较低，然而在对叶榕和垂叶榕榕小蜂的Philotrypesis属中mtDNA异质性水平均很高，此外，还有垂叶榕榕小蜂的Walkerella属的两个种异质性水平也较高。除了mtDNA异质性水平，我们对这两个属中NUMTs进行了分析，结果表明，NUMTs的存在概率也较高。 454高通量测序的结果让我们对异质性存在深度有了更清晰的了解，在对叶榕传粉小蜂Ceratosolensolmsi中，克隆测序结果几乎完全一致，然而在454深度测序后，我们发现在对COI进行克隆测序的低差异（或完全相同）的物种中，所获得的线粒体序列并不是完全一致的，以相似性指数为98%进行统计学分析，有些序列间差异超过2%。但该种这些差异并不影响系统发育分析。然而在Philotrypesis属和Walkerella属中，序列差异更大，所测得序列构建基因树树严重影响系统发育分析，并且个体内的基因序列差异已经超出物种鉴定时所规定的种间差异。 因此，对多个物种的深度测序分析可见，线粒体异质性实际上是一个广泛存在的现象。再将线粒体DNA作为系统发育标记和种群分析时，应该考虑到异质性的影响。