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中国李(Prunus salicina Lindl.)原产长江流域,经长期栽培已在华南地区形成了一个独特的南亚热带栽培群体,并成为广东省第一大落叶果树,主要有三华李类(红皮红肉)、绿皮白肉类(竹丝李、红线李等)和红皮白肉类(三月李等)等三种类型,其中三华李类品种栽培面积约占广东全省李面积80%以上。本研究以三华李类品种‘华蜜大蜜李’和‘白脆鸡麻李’为材料,通过RNA-Seq技术进行果实、花、嫩茎叶和胚等进行转录组测序,初步建立起三华李果实发育转录数据库,挖掘果实发育成熟过程中差异表达基因,分析果实发育成熟过程中花青苷生物合成、果实成熟软化相关的细胞壁代谢等差异表达基因,为今后果实着色改良、耐储运品种培育提供参考依据。主要研究结果如下:1、以华蜜李大蜜李的叶芽、花朵、胚和不同发育时期的果实(花后75 d、花后100d、花后130 d)为材料建立三华李开花结果时期转录组数据库,获得68,484条Unigene;并对其进行GO、KEGG、NR、PlnTFDB等数据库注释,共有33,630条Unigene获得注释;并对1 kb以上的Unigene进行SSR位点开发,共发现7,984个SSR位点。2、基于4个不同发育时期的华蜜大蜜李果实样品转录组数据进行差异表达基因的筛选,共获得5,394个差异表达基因。对差异表达基因进行转录因子预测、KEGG、表达模式GO富集分析发现一些时期高表达基因模块;蛋白互作网络分析发现果实发育成熟过程中的一些高蛋白互作集中模块。对果实发育差异表达基因预测分析,发现大部分激素相关基因呈下调表达趋势,并发现30个激素合成相关基因。对细胞壁代谢相关差异基因分析,发现41个细胞壁代谢相关基因;其中1个华蜜李幼果期(花后75 d)特异表达、2个华蜜李成熟果(花后130 d)时期特异表达基因。3、对三华李果实花青苷合成相关基因进行分析,发现41个可能花青苷生物合成关键基因、26个可能参与花青苷转运、39个可能花青苷合成相关转录因子、3个果实色素积累而下调的基因。4、以特异引物扩增条带单一、溶解曲线峰值高、最高峰值温度波动小为标准进行筛选内参基因,筛选结果表明HMBS2为华蜜大蜜李果实的基因表达量分析较合适的qRT-PCR内参基因。通过对10个候选花青苷生物合成基因、9个候选MYB转录因子进行qRT-PCR验证表明,相比华蜜大蜜李叶和花,华蜜大蜜李成熟果(花后130 d)果实颜色深可能是受c23975.graph_c0(ANS)和c19863.graph_c0(UFGT)表达的影响;与白脆鸡麻李成熟果(花后130 d)相比较,华蜜大蜜李成熟果(花后130 d)果肉颜色更深可能是受c21951.graph_c0(CHS2)和c19863.graph_c0(UFGT)的影响。并发现c6572.graph_c0可能是影响果实花色苷形成的有效MYB转录因子之一。5、利用TA克隆技术,得到了c6572.graph_c0的cDNA全长;并对cDNA进行结构预测,发现其含有蛋白R2R3结构域。