β—萘黄酮诱导剑尾鱼肝脏cDNA文库的构建及分析

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当今,水生实验动物开发和研究备受世界各国的重视,预示着水生实验动物科学又进入了一个新的发展阶段。我国标准水生实验动物的开发研究起步较国外晚,经过近十多年的努力,在剑尾鱼、稀有鮈鲫和红鲫的实验动物化研究方面取得了可喜的成绩。 剑尾鱼原产地为墨西哥及危地马拉,1987年,中国水产科学研究院珠江水产研究所开始了剑尾鱼的定向培养和相关的实验动物化研究工作。到目前为止,剑尾鱼已经被应用到水环境监测、水产药物安全评价、动物疾病模型等方面。由于近交剑尾鱼的遗传均一性较高,加上饲养过程的营养标准化和管理规范化,作为一种标准化的实验材料,保障了不同个体在应用中的反应一致性和实验的可重复性,从而提高研究的总体水平。但是剑尾鱼的已知EST序列还相对较少,许多功能基因以及可以在水环境监测中应用的基因数量更是有限,限制了剑尾鱼的应用。 本研究以暴露于β—萘黄酮(beta-Naphthoflavone,β-NF)中的剑尾鱼(Xiphophorushelleri)为研究对象,采用SMARTTM(Switching Mechanism At5’end of RNA Transcript)技术,成功构建了剑尾鱼肝脏cDNA文库。用SV Total RNA Isolation System试剂盒提取mRNA后,以逆转录酶MMLV Reverse Transcriptase反转录合成第一链cDNA,然后通过LD-PCR合成并扩增ds cDNA。扩增产物经纯化、酶切、过CHROMASPIN-400TM柱去除小片段后,连接到SfiI消化过的pDNR-LIB质粒栽体中,最后用电转化法将重组质粒转化到E.coli DH5α内得到原始文库,扩增后的文库保存在96孔细胞培养板中。经测定该文库约含有4.2×107个重组子,重组效率达99%,插入片段多在0.6~2.5 kb之间,平均插入片段长度约1.3kb,扩增后文库滴度为7.0×109CFU/mL。随机挑取1000个重组子进行测序检验,共得到长度大于500bp的Expression sequence tag(EST)序列976个,对所测EST序列进行拼接,得到72个重叠群(contigs),250个单拷贝EST,总计单基因簇322个。结果表明剑尾鱼肝脏的全长cDNA文库已构建成功,且质量较高,从而为筛选剑尾鱼肝脏的功能基因全长序列奠定了基础。成功筛选出了用于后续荧光定量PCR反应的18S核糖体内参引物。为剑尾鱼基因水平监测环境雌激素模型的构建打下了基础。
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