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红腹锦鸡(Chrysolophus pictus)隶属鸡形目(Galliforme)雉科(Phasianidae)锦鸡属(Chrysolophus)，是我国特有的国家Ⅱ级濒危野生动物。
多年来，生境破坏和过度猎杀，导致红腹锦鸡的栖息地严重片段化。本论文以生境片段化为切入点，并在分离SSR和Ⅱ类MHC位点以及建立两套分子标记系统的基础上，通过群体检测，探索生境片段化对种群遗传结构的影响，以及种群在片段化胁迫下的环境适应性等科学问题。
首先，利用磁珠富集方法共分离获得了14个红腹锦鸡特异的多态性SSR位点，并以此建立了物种的SSR分子标记系统。进一步地，运用SSR对红腹锦鸡野外现有的13个片段化种群进行群体检测，得到191个等位基因，其观察杂合度在0.358到0.930之间。通过STRUCTURE软件分析，发现13个种群被分为四大区域{四川(剑阁、青川、利用)；中部(黔江、湖南、贵州)；秦岭(佛坪、石印沟)；北部(龙草坪、宁陕、临夏、宝鸡、天水)}(分组A)。通过AMOVA验证了这四大区域之间存在显著的遗传变异(FCT＞FSC，P＜0.001)。利用SSR数据生成的Nei氏标准遗传距离和余弦距离构建了种群地理系统树，该结果证明各地理种群之间的关系和STRUCTURE分析结果非常吻合。
与此同时，以红腹锦鸡为对象，首次建立了适于鸟类基因组BAC文库构建的“Reverse-4D”新方法。“Reverse-4D”方法简便，省时且节俭经费，用之构建一个鸟类的基因组BAC文库，仅需传统“4D”方法的1/10左右的时间。特别地，筛选一个100-160kb的大片段DNA，则仅需传统BAC文库筛选方法的1％左右的工作量，达到了快速、高效和便捷的目的。
运用“Reverse-4D”方法在成功构建红腹锦鸡基因组的“Reverse-4D”BAC文库的基础上，筛选得到7个MHC质粒。在S2质粒中包含20个基因，部分的BG基因、3个Blec基因、3个ⅡB基因、TAPBP基因、BRD2基因、DMA基因、2个DMB基因、2个MHC IA基因、TAP1基因、TAP2基因、C4基因、CenpA基因、CYP21基因和部分的TNXB基因。通过Chpi-MHC分析，发现红腹锦鸡和原鸡之间的基因相似度和基因排布顺序非常的相近，除了两个特殊的地方外，基本上呈现线性的同源性。主要的差异表现在红腹锦鸡有3个MHCⅡB基因，3个Blec基因，而原鸡只有2个MHCⅡB基因及2个Blec基因，说明在MHC家族中存在基因重复事件。另外在TAPBP基因和TAP1-TAP2区域，发生了基因的翻转过程。
在红腹锦鸡MHC基因结构的基础上，随后成功建立起物种的MHCⅡB基因位点特异性扩增系统。通过PCR-SSCP在三个位点中分别得到18个、7个和7个等位基因，分析表明在ⅡB基因中存在正向选择、协同进化和跨物种进化现象。通过参照相近物种设计引物扩增ⅡA部分，种群研究调查显示其为单态。进一步地，通过MHCⅡB群体调查研究，发现不同种群之间等位基因频率存在很大的差别；其中ⅡB1*01、ⅡB2*01和ⅡB3*02分别是三个位点中的出现频率最高的等位基因。利用STRUCTURE软件对MHC数据进行分析，发现13个种群被分为两大区域{(剑阁、青川、佛坪、石印沟、龙草坪、宁陕、临夏、宝鸡、天水)，(利用、黔江、湖南、贵州)}(分组B)；并且通过AMOVA验证了这两大区域之间存在显著的遗传变异(FCT＞FSC，P＜0.001)。
通过SSR和MHCⅡB两种分子标记相比较，得到SRTUCTURE分组情况不同的现象，其中利用种群可能由于环境选择的压力，和湖南、黔江、贵州种群区域较为接近；而分组A中的另外9个种群在分组B中则聚集到一簇(均位于长江以北)，说明这些种群之间存在同质化。因此认为长江这一地理结构对该物种的MHC基因进化存在一定的影响。通过Gst来比较MHC和SSR的遗传分化，发现Gst-MHC低于Gst-SSR，并且位于其95％置信区间之外，Gst-SSR/Gst-MHC平均值的比值为2.036，说明在该物种中平衡选择对于MHC基因家族的选择起了重要的作用。
综上所述，对于保护的建议措施如下：按照MHC的分析结果将其分布划分为两个大区域，在地理结构上为长江所间隔，因此对于江北和江南地区的种群可以适当进行种群引进，提高物种的遗传多样性；佛坪和利用种群具有较为独特的MHC结构，在该物种的抗病研究上是一个很好的试验对象，后期可以进行关于病原体如何导致MHC选择的相关研究。