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土壤种子库是指存在于土壤表面和土壤中全部存活种子的总和，土壤种子库的特征可以反映地上植物群落。通过野外样线法取样和室外萌发的方法，对塔克拉玛干沙漠公路沿线6种立地类型的土壤种子库特征进行了研究，获得以下研究结果：
①所有立地类型的土壤种子库密度都很小。过渡区段(立地类型I)、塔里木河冲积堆积平原复合横向沙垄区段(立地类型II)、塔里木盆地北部古湖沼平原穹状复合沙丘区段(立地类型III)、塔里木盆地中部垄岗地貌高大复合型纵向沙垄区段(立地类型IV)、牙通古斯河下游干三角洲复合型纵向沙垄区段(立地类型V)、尼雅河下游干三角洲与北民丰隆起复合型沙垄区段(立地类型VI)的土壤种子库密度分别为：46.20±4.45粒·m-2、27.50±5.58粒·m-2、15.00±3.37粒·m-2、6.52±0.87粒·m-2、10.00±2.42粒·m-2和50.00±5.50粒·m-2，土壤种子库密度大小顺序为：VI>I>II>III>V>IV。
②所有立地类型土壤种子库中所出现的物种数量都很少。立地类型I的土壤种子库中植物种数最多，为8种；其次是立地类型VI，为6种；立地类型II、III、IV、V的土壤种子库种物种数比较相近，分别为3种、2种、4种和2种。
③所有立地类型土壤种子库中出现的物种生活型并不是都以一年生草本占优势。位于沙漠北缘和南缘的立地类型I和VI的土壤种子库植物以一年生草本为主；立地类型II、III、IV、V的土壤种子库中出现的植物以灌木和多年生草本为主。
④不同样点种子的密度分布格局符合克陶特克模式(Kurtotic pattern)，即种子库在空间分配上极不均匀，存在聚积现象。
⑤不同立地类型的地形地貌对土壤种子库储量有较大影响。
⑥在整个塔克拉玛干沙漠空间分布上，沙漠南缘和北缘的土壤种子库密度和物种多样性较大，而中部的密度和物种多样性都较小。