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干旱是全球性非生物逆境胁迫之一,每年对农业生产带来巨大的损失。玉米作为我国播种面积最大的农作物,受干旱灾害影响也极其严重。我国玉米种质资源遗传背景相对狭窄,因此发掘耐旱基因资源、培育耐旱玉米新品种具有重要的意义。本研究通过对C5和C6两个玉米重组自交系(Recombinant Inbred Lines,RIL)群体进行苗期耐旱性鉴定,筛选具有育种应用价值的耐旱材料,并利用Genotyping-by-Sequencing(GBS)测序技术对两个RIL群体进行基因型扫描和高密度遗传图谱构建,通过完备区间作图法对株高增长量、相对叶绿素含量、植株鲜重等进行耐旱相关性状进行QTL初步定位。主要研究结果如下:(1)采用完全随机试验设计在两个试验点对C5和C6两个玉米RIL群体进行苗期大棚耐旱盆栽试验,评价群体中各重组自交系的苗期耐旱性。在正常供水和干旱处理40d后,分别测量各重组自交系的相对叶绿素含量、株高增长量、植株地上部分鲜重、地上部分干重、植株相对含水量和叶片死亡率。对各表型数据进行方差分析、遗传力估计、相关性分析和主成分分析。结果表明,各性状在正常供水和干旱处理下差异显著,表明所测指标能较好反映植株在正常供水与干旱处理下的生长差异;检测指标具有较高的广义遗传力(0.61-0.92),且大部分性状间具有显著的相关性;主成份分析表明,两个群体前3个主成分的累计贡献率均达到85%以上,其中植株相对含水量对第一主成份有正贡献,叶片死亡率有负贡献。(2)利用综合耐旱评价值(D值),对两个群体的各个重组自交系进行耐旱性评价。分析两个群体在两个试验点D值的平均值和变异系数,发现C5群体的耐旱性稍强于C6群体,且更稳定。根据两个试验点的D值将各重组自交系划分为:干旱敏感型、中等耐旱型和耐旱型3个不同的类型。结合两个试验点鉴定结果,C5群体重组自交系RIL 146和RIL 174同时在两个试验点划分为耐旱型,RIL 128划分为干旱敏感型;C6群体中RIL 39和RIL 231同时在两个试验点划分为耐旱型,RIL 143、RIL 172和RIL 381划分为干旱敏感型。(3)利用GBS测序技术在C5和C6群体中分别获得955690个单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)标记。经过标记质量与多态性筛选后,通过相似/连锁的方法将多个连锁的SNP整合为1个block标记,在C5和C6群体中分别组建了 1275和945个block标记,并将这些标记用于构建遗传连锁图谱。再结合两个RIL群体在两个试验点测量的表型数据,采用完备区间作图法进行QTL定位。在C5群体中检测到35个耐旱相关QTL位点,其中濆江试验点检测到23个,多营试验点检测到12个;C6群体中检测到41个耐旱相关的QTL位点,其中濆江试验点检测到18个,多营试验点检测到23个。综合考虑两个群体定位结果,共检测到18、10、7、16、8和17个QTL分别与相对叶绿素含量、株高增长量、植株鲜重、植株干重、植株相对含水量和叶片死亡率显著相关。(4)结合368份玉米自交系构成的关联群体在干旱胁迫下苗期植株存活率的全基因组关联分析结果,本研究检测到的30个耐量相关QTL区段内共发掘到40个基因包含与干旱条件下苗期存活率显著关联的SNP位点。分析显著关联的40个基因在耐旱性不同材料中的差异表达情况,结果发现,显著关联的40个基因中有18个基因显著响应干旱胁迫。同时,结合Lu鉴定的C5和C6群体成熟期耐旱相关QTL研究结果,发掘出8个苗期和成熟期耐旱一致性QTL区域,其中C5群体中1个,C6群体中7个。该研究结果将为玉米抗逆性状的精细定位和分子标记辅助选择育种等提供一定的理论参考依据。