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本研究考察了我国新疆南部阿尔金山高海拔无人区的代表盐湖：阿牙克库木湖(湖面3884m)、阿乌拉仔湖和卡尔敦湖，并结合了北部低海拔(湖面海拔188m)的艾比湖进行研究，分离了一些特色嗜盐古菌。按照多相分类的原则，应用传统分类学、化学分类学和分子系统学手段相结合的方法，对其中代表性的六株嗜盐古菌进行系统的分类学研究。研究结果表明这些菌株分别代表了三个新的嗜盐古菌物种：NatrinemaaltunenseAJ2T、HaloterrigenasaccharevitansAB14T和HalobiformasalilacusAJ5T，丰富了嗜盐古菌的分类，并使得新疆地区独特嗜盐古菌种群的分类地位得到进一步的明确。在目前嗜盐菌科已有的18个属54个种中，屹今为止我国分离鉴定的9个新种全都位于Natrinema、Natronorubrum、Natrialba、Halobiforma和Halorubrum这五个属中，表明我国分离的嗜盐古菌带有一定的地域特点。
通过对已分离嗜盐古菌的bop核心序列的研究，发现新疆地区的bop基因资源具有多样性和地域性特点。并在其中两个属(Natrinema和Halobiforma)中首次发现了该基因的存在，扩展了bop基因在嗜盐古菌中存在的范围。基因序列遗传分析和蛋白序列比较的结果表明，bop基因片段的GC含量受到偏倚突变压及净化选择的双重制约，已分离嗜盐古菌内的BR蛋白是研究光循环质子泵的良好材料。序列分析中，我们认为根据BR蛋白一级结构将其分为三类，比根据BR蛋白的来源划分更为恰当。在研究过程中，我们未能发现bop基因在嗜盐古菌中流动的现象，因此对Mukohata(1999)等人提出的假说进行了部分的补充，以更好的解释嗜盐古菌中视蛋白基因演化模式。