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将外源基因克隆到载体上的过程包括以下几个步骤：PCR扩增目的基因，产生用于连接的平末端或粘性末端，再将PCR产物插入到合适的载体上。有很多种方法将PCR产物插入载体，如将限制性位点插入到PCR产物的末端、平末端插入、TA克隆、异位交错克隆、不依赖连接的克隆、活体克隆等。但是，这些方法都没有应用于大规模的克隆。
大量的基因组测序计划的完成，使得数目庞大，功能未知的ORF得到识别，必须将这些基因转移到各种不同的载体，进行基因的表达和其它功能分析。这就需要出现大规模高通量的克隆系统。目前，应用较多的高通量克隆系统，有Gateway克隆系统、Clontech克隆系统、Univector融合系统等，这些克隆系统已被商业化，尤其是Gateway克隆系统应用范围极为广泛。但是，因为各个系统都要用到商品化的重组酶，所用的同源序列也较长，故价格昂贵，克隆过程费用较高。
鉴于大规模克隆的用途，在别人研究的基础上，我们实验室建立了一种适用于高通量克隆的方法。这种方法采用大肠杆菌体内重组的原理，不需要体外连接，反向筛选重组子，不引入额外碱基，同时又不必考虑ORF内部的序列。
用这个方法，我们克隆到5150个AD融合质粒，4648个DB融合质粒，克隆成功率达到90﹪以上。这些融合质粒将用于双杂交系统，进一步研究蛋白质的相互作用。