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植物内生真菌是指那些在其生活史的一定阶段或全部阶段生活于健康植物的各种组织和器官内部的真菌。近年来中药内生真菌的研究已成为热点之一，它不仅可以探索内生菌与活性成分的关系，为中药的道地性的形成提供科学依据，而且利用内生菌产生代谢产物解决中药重要资源的短缺，进而利用工业化发酵以实现活性成分规模生产。本论文以中药何首乌(Polygonummultiflorum。Yhunb.)为研究对象，对其新鲜根、茎、叶及干燥种子的内生真菌进行了分离鉴定，并对分离纯化后的内生真菌进行了初步的化学研究。现将本论文主要实验内容和结果总结如下：
1.菌株分离纯化
从大理地区采集何首乌的新鲜根、茎、叶和干燥种子，进行内生真菌的分离和纯化，共获得内生真菌140株，其中从干燥种子中分离得到10株，并对这些菌株进行了传代和保存。
2.活性菌株筛选
以从何首乌分离得到的140株内生真菌为发酵菌株，进行液体发酵，应用HPLC对这140株菌株发酵产物进行分析，发现菌株YZ3.5804发酵产物中有大黄素甲醚；菌株YZ3.5818、YZ3.5837、YZ3.5844、YZ3.5857、YZ3.5777、YZ3.5793的发酵产物中有大黄素；菌株YZ3.5907发酵产物中有二苯乙烯苷。表明何首乌内生真菌与二苯乙烯苷、大黄素及大黄素甲醚存在相关性。
3.形态学鉴定
3.1、对何首乌根、茎、叶分离得到的内生真菌菌株YZ3.5750～YZ3.5799、YZ3.5800～YZ3.5879进行初步的形态学鉴定，共鉴定出真菌90株，分属3纲4目9科24属，其中青霉属(Penicilliumsp.)属于优势属。
3.2、对产生活性成分的8株内生真菌进行初步的形态学鉴定，基于形态特征的鉴定结果为：菌株YZ3.5804、YZ3.5837、YZ3.5793初步鉴定为青霉属(Penicilliumsp.)；菌株YZ3.5818初步鉴定为拟青霉属(Paecilomycessp.)；菌株YZ3.5844初步鉴定为毛霉属(Mucorsp.)；菌株YZ3.5857初步鉴定为曲霉属(Aspergillussp.)；菌株YZ3.5777初步鉴定为根霉属(Rhizopussp.)；YZ3.5907初步鉴定为葡萄孢属(Botrytissp.)。
4.分子生物学鉴定
对上述的140株内生真菌进行分子生物学鉴定，提取纯化真菌基因组，对ITS序列进行PCR扩增。测序结果与提交到GenBank数据库中的真菌ITS序列进行比对，共鉴定出41株。如菌株YZ3.5751鉴定为毛壳属球毛壳Chaetomiumglobosum；菌株YZ3.5784鉴定为Mortierellaelongate.；菌株YZ3.5789鉴定为曲霉属黄曲霉Aspergillusflavus。而菌株YZ3.5788的ITS序列经过比对后与Mucorellipsoideus(GenBank：JN882308.1)ITS序列的相似度为91％，可能为新种。