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文昌鱼介于无脊椎动物向脊椎动物过渡的中间阶段,是研究生物进化的一个重要的模式生物,其在神经管,以及中后脑的发生,心脏的发育,肝脏,肾盲囊等器官的形成方面的研究十分重要。我们通过测序文昌鱼的总microRNA,来研究microRNA在文昌鱼体内的种类以及参与的生理学功能,进一步研究文昌鱼在生物进化树上的重要作用。我们通过生物芯片技术,Solexa测序技术,得到了120个microRNA的成熟体序列,进一步经过RT-PCR的方法验证,确定了106个microRNA有表达,同时对这些表达的miRNA进行了细致的分类。因为文昌鱼处在无脊椎动物向脊椎动物过渡的中间阶段,必然具备两种不同的发育特征,总结出测序出的总miRNA中具备脊椎动物特异性存在的和无脊椎动物特异性存在的miRNA.同时不同的miRNA的表达水平也不同,如let-7a和miR-1等的拷贝数十分大,说明其表达量很丰富。其他的如miR-191的拷贝数为个位数,表现出很低的表达量。为了进一步验证测序结果,利用生物信息学软件,通过对已测序的文昌鱼基因组成熟体microRNA周边序列的二级结构进行折叠,发现可以出现比较典型的颈环结构,证明相应的miRNA表现出很典型的结构特征,能够更加深入的证明miRNA的准确性。为了验证miRNA在文昌鱼的组织器官发生过程中的意义,我们根据已经报道的在哺乳动物中表现组织器官特异性的miRNA,进行了总结,如脑和神经细胞中特异性表达的miR-124,miR-9,miR-96等,在肌肉中特异表达的miR-1,miR-133以及肝脏中特异表达的主要参与脂肪酸代谢以及胆固醇合成的miR-122.为了进一步研究特异的miRNA在文昌鱼幼体中的分布,我们选取了miR-1和miR-124a,利用原位杂交技术,确定了文昌鱼中这些组织特异性的microRNA的表达。发现这些miRNA仍然表现很强的组织器官特异性,miR-1主要分布在文昌鱼的肌节部分而miR-124主要分布在脑的部位,背神经管也有部分分布。根据现在已知的文昌鱼基因组的部分序列,我们总结了成熟体microRNA在基因组的不同分布位置,如内含子,外显子以及非编码序列。绝大多数的miRNA仍然主要分布在基因组的非编码位置,对其他蛋白表达基因进行调控。同时根据已经公布的通过实验证实的miRNA的靶基因,总结出部分重要的miRNA的靶基因及其主要行使的生理学功能,希望了解此类miRNA在文昌鱼中的参与了此类生理学功能。同时我们还利用生物信息预测软件,预测miRNA在文昌鱼中的靶基因,通过对这些靶基因的生物功能的总结,就可以比较明确的揭示其在文昌鱼不同的生理过程中可能也所起相似的调节作用。根据现在已经公布的miRNA的主要靶基因参与的功能,我们将部分重要的miRNA的靶基因进行了总结,如miR-122所调节的Hfe2等蛋白主要参与了脂肪酸代谢。通过实验,我们将文昌鱼中总miRNA进行了测序,同时利用相关的手段来证实文昌鱼中miRNA的正确性,同时根据实验结果对miRNA进行了分类,根据靶基因的功能不同,总结出组织特异性的几个miRNA的主要靶基因,同时做了原位杂交的实验进一步证实了在文昌鱼中的miR-1,miR-124也表现出组织器官特异性的特征。