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太湖作为长江中下游典型的浅水湖泊，是我国重要水源地和渔业生产基地。伴随着太湖富营养化发展，太湖渔业总产量不断上升；渔获物组成中优质鱼比例不断下降，小杂鱼比例不断上升；随着网围养殖规模的扩大，养殖对水环境的影响也不断加大，养殖业的环境容量和合理布局受到密切关注。论文设计通过对太湖鱼类资源、生物资源、水环境现状以及养殖对水环境影响的研究，提出了以渔改水的太湖合理的渔业放养结构以及区域网围养殖的生态优化模式和可养殖规模。主要结论如下：
1.2007年太湖鱼类调查采集到鱼类57种，与历史资料比较，种类明显减少。主要鱼类年龄组成以I—II龄的低龄为主，分别占20-25％和70％左右，鱼类种群低龄化趋势十分明显：20年渔业资料的统计结果表明，太湖经济鱼类产量和组成均以刀鲚为优势，重要经济鱼类“四大家鱼”、银鱼和鲌等产量和组成均较低，并且银鱼和鲌产量有明显的下降趋势。分析认为太湖逐渐富营养化、过高的捕捞强度和不合理的捕捞方式以及鱼类沿岸产卵繁殖场所的破坏等因素是造成太湖鱼类“小型化、低龄化、低值化”的重要原因。
2.太湖目前浮游植物、浮游动物、底栖动物和水生植物总渔产潜力估算约为78500T。实施以渔改水的生物调控措施，应加大鲢、鳙放流数量和放流规格，在提高鱼产量的同时对抑制太湖蓝藻水华能起到积极作用；推算每年放流鳙约1000万尾，鲢约300万尾，规格为20尾/kg为宜。草鱼、团头鲂、青鱼、鲤等要在保护太湖水草和底栖动物资源和生物多样性前提下适当放流，每年宜放流草鱼150万尾，团头鲂165万尾，青鱼8-10万尾，鲤夏花2500万尾。而对调控鱼类结构小型化、单一化具有重要作用的肉食性鱼类翘嘴鲌建议加大放流量，年放流量可扩大至400-500万尾左右，在调控的同时提高湖泊渔业附加值。
3.东太湖水环境整体状况来看，由于湖湾效应和水生植物的净化水质作用，使得东太湖水体透明度(0.82±0.34m)和溶解氧含量(6.5±2.56mg.L-1)较高，表明水体自净能力较强；但水体氨氮和总有机碳浓度较高，分别为0.62±0.19mg.L-1和7.8l±1.36mg.L-1，说明东太湖有机物污染较严重；隐藻大量出现以及蓝藻取代绿藻在数量上占优势，说明水体富营养化趋势明显。从污染源角度来看，西太湖来水和东山半岛面源污染对水体浑浊度和氮磷营养盐含量的影响超过了网围养殖对水体的影响。网围养殖使得水体和底泥有机物含量上升，进而影响水生生物群落结构，并且高温季节影响更大。
4.东太湖人工投饵单养河蟹的养殖方式，会造成水体氮磷营养盐累积，对水体造成污染。比较各养殖区环境状况、经济效益以及河蟹生长规格，认为河蟹实施生态优化养殖的合适密度宜为400只/亩(6000只/hm2).目前东太湖过高养殖密度围的方式有待改进。针对东太湖目前养殖面积过大和布局不合理的现状，认为东太湖网围养蟹面积应控制在47000亩(约3100hm2)左右为宜。