利用HapMap分析自然选择及其对倒位多态的影响

来源 :中国科学院北京基因组研究所 | 被引量 : 0次 | 上传用户:sylsq3
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人类基因组国际单体型图计划(The International Haplotype Map Project,HapMap)旨在构建全基因组范围的常见遗传变异数据库,为复杂性疾病、进化和其它遗传学研究提供基础的数据。本研究基于HapMap计划第Ⅰ期数据,通过群体基因组学策略对亚、欧、非人群中的阳性选择信号进行扫描。在基因组范围建立了一个包含多层次信息(位点、窗口、大型区域)的阳性选择图谱。研究表明:基因组中存在一定程度的选择,阳性选择的“候选窗口”占总筛查窗口的~5%;基因组中阳性选择信号集中于某些特定的染色体区域;并确定了62个可能受到强阳性选择的大型区域,以及区域内相应的88个受到强阳性选择的“候选基因”。本研究还发现人群特异的选择是自然选择的主要类型;通过群体基因组学策略扫描常染色体区,共发现了12,669个高人群分化的SNPs和1,853个人群特异的自然选择“候选基因”。进一步的基因诠释确定了121种受到强自然选择压力的生物学过程。   本研究还以8p23区域的染色体倒位多态为对象,探讨自然选择对染色体结构多态性人群分布的影响。通过单体型分析和荧光原位杂交技术发现,在HapMap样本中存在多个隐匿的与倒位结构相对应的单体型亚群。进一步分析提示,与人类基因组完成图(Human NCBI Build36)相反的染色体结构类型最有可能是祖先类型。本研究还提示人群特异的自然选择与染色体倒位多态性的维持有关。特别是在欧洲样本中,该区域复杂的自然选择模式是8p23区域染色体倒位多态性得到维持的一个合理解释。
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