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蛋白质组学是指从整体角度分析细胞内动态变化的蛋白质组成成分、表达水平与修饰状态，进而了解蛋白质之间的相互作用与联系，揭示蛋白质功能与细胞生命活动规律的一个新的研究领域。正如许多非模式植物，高山植物的基因组学信息有限，遗传背景不清，其生态适应性过程及其机制的研究尤为困难。因此本论文试图以十字花科植物——菥冀为研究对象，应用蛋白质组学的方法对高山植物的适应性开展探索性研究。
首先我们优化了蛋白双向电泳的植物蛋白提取方法，结果表明Tris-HCL与TCA-丙酮沉淀法联用为最适方法，所得图谱背景清晰，蛋白质信息量最大，并在箭毒木、旱柳和菥萁的可溶性蛋白的分析中获得了满意的双向电泳图谱。
利用蛋白组学方法，我们分别提取了产自云南西北部白马雪山的菥莫白天与晚上的总蛋白，经双向电泳分离、质谱分析鉴定，得到70个蛋白点，以白天样品为对照，其中有18个蛋白点在夜间样品中上调，13个蛋白点在夜间样品中下调。对各蛋白点进行功能分类的研究表明：这些蛋白点主要是与细胞信息储存和加工、细胞生理过程和信号传导、能量代谢和物质代谢、逆境相关的蛋白，研究结果为利用蛋白组学方法研究高山非模式植物提供了有益的借鉴。