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党的十九大以来,以习近平同志为核心的党中央高度重视创新工作,把创新置于新发展理念之首,大力实施创新驱动发展战略,国家创新型建设成果丰硕,一大批重大科技成果相继问世。在实施创新过程中,需要加大创新投入,使有限的投入得到有效发挥的办法就是进行协同创新。协同创新是各方参与主体通过建立互信的合作关系,形成风险共担、利益共享的整体。但是企业进行协同创新时具有一定风险,这就要考虑创新费用承担的问题,即创新费用是由生产企业承担,还是研发企业承担,又或是由两者通过契约共同承担的问题。这是实现协同创新面临的关键问题。另一方面,政府为促进企业进行创新,采取补贴策略,但是针对政府补贴存在较大争议,争议主要焦点就是该补贴给哪一方（即补贴给研发企业,还是补贴给生产企业）。因为,一般选取不同补贴对象产生的补贴效果不同。鉴于此,本文在现有研究和相关理论基础上,基于两种协同创新模式（一是只有研发企业负责研发,二是研发企业和生产企业同时负责研发）,构建政府补贴下不同创新费用承担方式的研发企业（上游）与生产企业（下游）的博弈模型,剖析不同政府补贴策略对协同创新的影响,揭示不同创新费用承担方式对协同创新的影响,进而分析上下游协同创新的契约关系,给出实现上下游协同创新的最优协调机制。主要研究内容和结论如下:首先,在只有研发企业负责研发时,分析不同政府补贴策略下多种创新费用承担方式对协同创新的影响,以及上下游实现协同创新的协调机制,构建政府补贴时不同创新费用承担方式对研发企业与生产企业协同创新影响的博弈模型。基于此模型,分析政府选取不同补贴策略对协同创新的影响,确立政府最优的补贴对象。然后,基于不同创新费用承担方式对协同创新的影响,给出了实现上下游协同创新的协调机制。研究结果表明:政府补贴可以有效促进研发,且政府补贴对象不同对协同创新影响效果相同;当消费者对创新敏感度小于某一阈值时,政府补贴可以降低单位产品零售价格,且政府补贴对象选取不同对单位产品零售价格影响效果一样;集中决策时,创新努力程度最大,也即创新积极性最高,生产企业承担创新费用时创新努力程度次之,研发企业承担创新费用时创新努力程度最小;当生产企业承担创新费用时,企业间接承担创新的一部分风险,使研发企业的创新积极性得到提高,最终提高其创新努力程度;当研发企业承担创新费用时,这时研发企业不仅承担研发的风险,还承担创新费用投资风险,这两个方面因素促使其创新努力程度变小。当研发企业承担创新费用时,研发企业为了弥补创新投入,会通过提高产品委托研发费用来增加其收益,也即研发企业承担创新费用时,单位委托研发费用最大。成本分摊契约不能使收益整体最优,约束创新成本的成本分摊契约可以使收益达到整体最优。其次,在研发企业和生产企业同时负责研发时,分析不同政府补贴策略下上下游承担创新费用的方式,构建由一个研发企业和一个生产企业组成的上下游协同创新博弈模型。基于此模型,分析不同政府补贴策略对上下游协同创新的影响,实现上下游协同创新达到最优,研究上下游协调创新机制。研究结果表明:政府补贴可以有效促进上下游协同创新,也即增加上下游创新努力程度,而且政府选取不同对象补贴对创新努力程度、产品销售量和收益影响是一样的。但是,政府选取不同补贴策略影响单位产品委托研发费用和单位产品零售价格。分散决策时,单位产品委托研发费用与创新努力成本系数负相关,且研发企业创新成本系数对单位产品委托研发费用的影响不是很显著,生产企业创新努力成本系数对单位产品委托费用研发影响较显著。集中决策时,单位产品零售价格小于分散决策时单位产品零售价格,产品销售量大于分散决策时产品销售量,创新努力程度大于分散决策时创新努力程度,收益大于分散决策时收益之和。研发企业进行研发时,会通过提高单位产品委托研发费用来转移其创新成本,单位产品零售价格与单位产品创新努力程度正相关、产品需求量与创新努力程度正相关。最后,为进一步分析时间效应对上下游企业协同创新的影响,本研究基于政府不同补贴策略构建研发企业和生产企业的微分博弈模型。基于此模型,获得研发企业和生产企业决策变量和收益的时间函数,并通过对比分析研究集中决策和分散决策对创新努力程度、收益等的影响。研究结果表明:政府补贴使系统稳定点变大,也即使创新努力程度稳定点变大,有利于创新。另一方面,政府补贴有利于降低单位产品委托研发费用,由于单位产品委托研发费用降低,间接降低单位产品零售价格,单位零售价格降低可以促进消费者购买产品积极性,增加产品销售量。同时,政府补贴可以有效促进生产企业创新努力投入。集中决策时的单位产品零售价格要小于分散决策时的单位产品零售价格,且分散决策时单位产品零售价格要明显大于集中决策时单位产品零售价格,时间对产品单位零售价格影响大致趋势是一致的,都是在初期影响产品单位零售价格,之后达到均衡。但是,集中决策时,产品销售量最大,且明显大于分散决策时销售量,且时间对产品销售量变化的影响不是很明显。