CATA4基因在人类单纯性先天性心脏病中的cSNP关联分析和突变及表达研究

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目的先天性心脏病(CongenitalHeartDisease,CHD)是一类严重危害婴幼儿健康的先天畸形,在出生后存活婴儿中的发病率为0.3%~1%,在流产儿和死胎中则高达10.2%。作为一种复杂性疾病,CHD主要在胚胎心脏发育的易损期,由于遗传因素和环境因素的共同作用,某些与心脏发育有关的基因及其产物出现异常而导致胚胎异常发育。GATA4是目前研究较多的与心脏发育密切相关的转录因子之一。1995年GATA4基因被定位于人类8号染色体上,1996年应用荧光原位杂交技术进一步将其定位于8p23.1-p22。国外研究已在单纯性CHD家系中发现了GATA4基因几个有意义的突变类型。但目前尚未见GATA4基因内cSNP与单纯性CHD的相关性报道。我们在GATA4基因编码区选择4个可引起氨基酸改变的cSNPs,对62个单纯性CHD核心家系进行cSNP关联分析和单体型分析,并对GATA4基因在单纯性CHD患者中的突变及表达情况进行了研究,以期明确GATA4基因参与CHD形成的潜在机制。 方法1.从SNP数据库中检索GATA4基因编码区SNP(cSNP),选择4个可引起氨基酸改变的cSNP,设计引物对62个单纯性CHD核心家系186名成员进行PCR-RFLP基因型分析; 2.应用ETDT软件统计分析各SNP位点基因型与单纯性CHD的相关性; 3.应用TRANSMIT软件构建单体型并统计分析单体型频率是否存在差异; 4.设计GATA4基因7个外显子引物,并于上游引物5端加[GC]夹;应用聚合酶链反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)的方法对66名患者进行GATA4基因编码序列突变筛查; 5.以非CHD患者心肌为正常对照,以β-actin为内对照,用RT-PCR方法检测GATA4基因在41例单纯性CHD患者(包括ASD、VSD、F4)心肌中mRNA水平的表达情况。 结果在GATA4基因内的4个cSNP位点中:Q19E(rs1139240)位点未检测到多态。L39V(rs1139241)、P66A(rs1139244)和G377S(rs3729856)位点与单纯性CHD相关(P<0.05)。配对连锁不平衡分析表明,在所有配对组合中,rs1139241和rs1139244之间存在连锁不平衡。对存在连锁不平衡的rs1139241和rs1139244进行单体型分析结果无统计学意义。 本课题组收集到的所有66位患者GATA4基因7个外显子PCR产物经DGGE检测未发现突变;与非CHD患者(正常对照)相比,单纯性CHD患者GATA4基因mRNA表达呈下降趋势。 结论在GATA4基因内的4个cSNP位点中,Q19E(rs1139240)在中国东北人群中未检测到多态;L39V(rs1139241)、P66A(rs1139244)和G377S(rs3729856)3个位点与单纯性CHD有明显的相关性。 在本课题组收集的病例标本中没有发现GATA4基因编码区的突变;GATA4基因转录水平异常可能是该基因参与CHD形成的一种潜在机制。
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