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本研究以山西、河南、陕西、河北4省不同产地的连翘为材料,采用ISSR分子标记技术,对18个产地的连翘以及其混伪品金钟花、东北连翘、紫丁香进行遗传多样性分析,具体研究结果如下：1、本试验分别采用CTAB法、高盐低pH法和SDS法对连翘叶片的总DNA提取进行筛选优化。结果表明,经过RNase处理后的DNA电泳条带拖尾现象相对于没有处理过的电泳图谱有所改善,其中高盐低pH法提取的DNA纯度较好,蛋白质及多糖去除完全。2、从哥伦比亚大学公布的100条ISSR引物中筛选出有扩增产物的引物34条,通过对随机选取的几个不同产地的连翘样本进行检验、比对,进一步筛选具有高多态性的引物,试验得出,16条引物具有多态性。3、利用POPGENE1.32软件对18个产地的连翘进行遗传多样性分析,其中山西陵川的Ne、h、I数值最大,说明山西陵川的等位基因作用最大,遗传多样水平最高；河南林县最小,说明河南林县的等位基因作用最小,遗传多样水平最低。本试验选取山西、河南、河北、陕西四个省份的连翘作为研究对象,分析其遗传多样性。其中陕西省连翘(Na:1.7420,Ne:1.3010,h:0.1916,I:0.3052)在四个省份中最小,因此其遗传信息量与遗传多样性是最少。但是四个省份的平均值(Na、Ne、h、I)分别为1.8145、1.3013、0.1940、0.3125,说明四个省份均有很大的遗传信息量与遗传多样性。4、对山西、河南、河北、陕西四个省份进行遗传分化的分析,其中山西省连翘居群总基因多样度(Ht)为0.2030,居群内基因多样度(Hs)为0.1657,大于河南(Ht: 0.1863,Hs:0.1528),河北(Ht：0.1843,HS：0.1722),陕西(Ht:0.1897,Hs:0.1713).同样,山西省连翘的遗传分化系数(Gst)为0.1835,基因流(Nm)为2.2249：河南的遗传分化系数(Gst)为0.1799,基因流(Nrm)为2.2799：河北的遗传分化系数(Gst)为0.0656,基因流(Nm)为7.1166,陕西的遗传分化系数(Gst)为0.0969,基因流(Nm)为4.6611。综上所述,居群遗传分化程度大小顺序为：山西>河南>陕西>河北,河北与陕西居群间基因流较强。5、利用UPGMA对18个产地的连翘以及其混伪品金钟花、东北连翘、紫丁香做NTSYS聚类分析,不同地区的连翘与其药用连翘的混伪品在0.70处按种类分为了四组。其中连翘为一组,剩余的三种混伪品各为一组。总体来说,不同产地的连翘在一定程度上与地理位置是有一定的联系的。不同省份的连翘一般按同一省份连翘优先聚类。综上所述,不同产地的连翘优先按地理位置聚类。