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高校的组织特性决定了行政权力和学术权力的客观存在，二者的冲突与协调构成了高校内部权力运动的主要内容。目前在我国公立高校中行政权力逐渐扩大，侵袭高校学术权力，矛盾日益加剧。然而行政权力和学术权力的制衡又直接关系到大学运行的效率、效益。因此，如何正确处理好学术权力与行政权力的关系，既是高等教育的一个重要理论问题，又是一个非常有现实意义的实践问题，是大学内部管理体制改革极其重要的一个方面。
本文在界定高校学术权力与行政权力概念、解构行政权力与学术权力辩证关系的基础上，总结了现行我国公立高校中行政权力与学术权力关系存在的问题，认为我国高校行政权力主导模式存在的主要问题为：行政权力泛化，行政机构官僚化；学术权力边缘化，学术管理行政化；权力集中向上、决策民主化程度不够。随着问题的提出，本文通过分层分析，对我国公立高校行政权力与学术权力现状进行了深入的探讨，归纳出了我国行政权力泛化、学术权力边缘化形成的历史、文化、制度、机制、组织特性、外部环境方面原因，并得出在这些因素影响之下，行政权力与学术权力间博弈必将走向行政权力不断扩张、学术权力不断弱化的恶性循环的结论。此外，本文还以同济大学内部行政权力与学术权力关系为个案，对具体情况进行了一定的展开，以使问题形象化。
经过上述分析后，结合国外经验借鉴，本文就如何构建公立高校二元权力约束与制衡机制进行了初步探索，得出了从理念上纠正历史、文化遗留问题，树立教授治学、行政服务的治校理念；从体制上冲出政府障碍，减小政府影响下机制的官僚化；从制度上为学术权力立威，有效制约行政权力的泛化；通过决策机制的改进，理顺行政权力与学术权力的行使；通过完善组织、组织架构，适当引入校外顾问委员会，加强学术权力的组织基础，创造行政权力与学术权力平衡的良好环境，并有效增进行政权力行使的合理性；控制市场化，有效平衡学术价值与市场价值，重树教授治学热情的，我国公立高校二元权力约束与制衡机制构建的策略建议。