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猫儿山小鲵（Hynobius maoershanensis），属两栖纲、有尾目、小鲵科、小鲵属。猫儿山小鲵分布十分狭窄，仅分布于广西猫儿山国家级自然保护区2000m左右的高山上，是中国特有种，具有一定的研究价值。猫儿山小鲵于2006年被发现至今，人们对其相关信息了解甚少。目前猫儿山小鲵栖息环境质量下降，其种群数量很少，费梁等建议将猫儿山小鲵列入濒危EN。为了更好地保护野生种群资源，为猫儿山小鲵未来的管理提供科学建议，本文利用微卫星位点和线粒体D-loop两种分子标记技术，分析4个采样地点的152个猫儿山小鲵个体的遗传多样性情况，为其今后的管理提供科学依据。本研究的主要结果如下: (1)利用高通量法筛选了25个多态的微卫星座位(HYM1～HYM25)，在29个猫儿山小鲵个体中体检测到的等位基因数N为2～5，观测杂合度HO为0.131～0.675，期望杂合度HE为0.034～0.759。 (2)基于微卫星与线粒体D-loop区检测猫儿山小鲵遗传多样性的结果显示，猫儿山小鲵的遗传多样性处于一个很低水平。微卫星检测结果显示猫儿山小鲵的平均等位基因数为4.5、平均期望杂合度为0.576、平均多态信息含量为0.565。线粒体D-loop控制区检测结果为134个猫儿山小鲵个体得到4种单倍型，单倍型多态性为0.230，核苷酸多态性为0.00029，可能是由于瓶颈效应和遗传漂变等因素导致猫儿山小鲵遗传多样性水平很低。 (3)基于微卫星与线粒体D-loop区探讨猫儿山小鲵遗传结构和系统发育。微卫星分析得到两两样地间4个采样地的分化系数(FST)范围为0.012～0.049(0≤FST＜0.05)，样地间基本无分化。线粒体分析结果为-0.0263～0.08703，分化系数很低，检测结果中，FST出现了负值，可能存在样地内部差异大于样地间差异的情况。同时，两种标记分析显示样地间的基因交流显著，在微卫星数据分析下Nm值范围为4.814～20.869，在线粒体数据分析下范围为5.2452～33.9353。对猫儿山小鲵4个采样地进行AMOVA遗传变异分析，微卫星数据与线粒体D-loop区分析结果都表明猫儿山小鲵样地内部的变异大于样地间的变异，样地间的遗传分化很小。利用微卫星分子标记的Structure聚类分析表明除了山顶湖之外，其它3个采样地并未明显聚类。基于微卫星Nei遗传距离构建猫儿山小鲵4个样地的NJ系统发育树，结果显示4个样地共聚为2支，其中山顶湖为一支，其余3个样地一支。基于线粒体D-loop控制区4种单倍型构建的NJ系统树与微卫星Nei距离NJ树分析结果一致。Mantel检验结果显示猫儿山小鲵4个样地间的遗传距离与地理距离不显著相关。 (4)基于微卫星标记进行瓶颈效应检测结果显示，4个猫儿山小鲵样地在3个不同检测模型(TPM、SMM、IAM)和MODE-SHIFT检测下，总共有2个样地经历极为显著的瓶颈效应。M-ratio主要是检测历史的瓶颈效应，我们可以看到4个样地的M-ratio值全部都低于0.68这一阀值，说明猫儿山小鲵种群在历史上可能出现了瓶颈效应。 (5)基于线粒体D-loop区探讨猫儿山小鲵种群历史动态。猫儿山小鲵种群基于无限突变位点模型的Tajimas D值与Fus Fs值均小于0，两者都未达到显著水平，这表明猫儿山小鲵种群仍处在一个中性选择状态，种群的中性进化歧异度未出现明显的偏离。FuFs=-0.642，表明存在近期的遗传变异。