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最近十几年，国内研究者对蝙蝠的研究取得了较大的进展，主要集中在分类、行为、食性、声音、协同进化、系统进化和病毒等方面。2002年1月至2006年3月，我们对扁颅蝠与褐扁颅蝠进行了一些行为生态学上的研究，主要包括声音、翼型、捕食行为、生境利用、活动节律以及寄生螨等。主要的结果如下：
1、翼型、搜寻声、捕食行为和生境利用：两种蝙蝠的翼展、翼载和翼展比都相对较低，其中扁颅蝠的相对褐扁颅蝠的更低。两种蝙蝠的超声波叫声都属于调频(FM)型，其中扁颅蝠叫声的主频率为65.1kHz，褐扁颅蝠57.7kHz。扁颅蝠叫声频率(包括主频率、最高频率、最低频率)比褐扁颅蝠的高，脉冲时程比褐扁颅蝠的长，但是这两种蝙蝠的脉冲间隔、频宽差异不显著。通过观察发现，这两种蝙蝠都是空中捕食者，并且使用嘴直接捕捉飞行的小型昆虫。它们的捕食生境主要包括：(1)房屋和/或树木周围(边缘)，(2)林中、林外的小路上(小路)，(3)竹林顶部(树顶)。通过对比捕捉率发现，两种蝙蝠对这三种生境的喜好程度不一样：在边缘生境，扁颅蝠的捕捉率比褐扁颅蝠高，但是在小路和树顶生境，褐扁颅蝠的捕捉率比扁颅蝠高。我们设置两个高度(4m和8m)捕捉正在捕食的蝙蝠，发现扁颅蝠相对于褐扁颅蝠来说在更低的高度捕食。由此得出以下结论：扁颅蝠选择更为复杂的捕食生境。两种蝙蝠的飞行速度都相对较慢，但是扁颅蝠的飞行速度更慢，为4.3ms-1，褐扁颅蝠的为4.8ms-1。相对较低的翼载、飞行速度以及较高的频率，使得扁颅蝠更容易在比较复杂的生境中飞行和捕食。
2、声音发育：两种蝙蝠均在5月底产仔，幼仔于6月中下旬断奶、练习飞行。幼仔发出的声音主要有两种：前超声波(precursorstoecholocationcalls，脉冲相对较短)和隔离声(isolationcalls：i-calls，脉冲相对较长)。随着幼仔的成长，隔离声和前超声波的频率都逐渐升高，到它们会飞的时候已经基本接近成年个体的声音频率。6日龄前，隔离声的脉冲时程略有增长，之后则逐渐缩短，与此同时，前超声波的脉冲时程也逐渐缩短，直到接近成年个体的声脉冲时程。当母蝙蝠与幼仔被分开的时候，它们都会互相寻找对方，并发出一种导向声(directivecalls)，母蝙蝠的导向声与它们的超声波不同，频率较低、脉冲时程较长，幼仔的导向声与隔离声和前超声波也不一样，脉冲时程也较长，但是频率一样。
3、活动节律：我们在龙州和桂平两个县城研究了这两种蝙蝠的夜活动节律。龙州同时分布有扁颅蝠和褐扁颅蝠，但是在桂平只发现扁颅蝠的分布。这两种蝙蝠的夜活动明显的由两个时间段组成：黄昏时间段和凌晨时间段，两个时间段之间，它们返回日栖息地。两种蝙蝠的夜活动节律呈现出非常明显的季节变化，并与繁殖状态和环境温度有显著的相关性。黄昏的出飞都是在日落之后，而凌晨的活动则是在日出之前结束。龙州的扁颅蝠的黄昏出飞时间比桂平的扁颅蝠早，这可能是因为在龙州，褐扁颅蝠与扁颅蝠存在较激烈的竞争，而在桂平没有相似物种的竞争；两地的扁颅蝠在凌晨的活动时间则没有明显的差异。在龙州，扁颅蝠的两个活动时间段都比褐扁颅蝠的短，这可能是因为扁颅蝠体型比褐扁颅蝠的小，所需的食物相对更少一些，所以花费的捕食时间可能就少一些。但是，龙州的扁颅蝠花费在捕食上的时间比桂平的扁颅蝠多，这可能是因为在龙州有同域分布的姐妹种褐扁颅蝠的竞争，但是在桂平则没有。我们发现，这两种蝙蝠每个捕食时间段通常不超过半个小时。在5月和6月，这个时候正是它们怀孕和哺乳的时候，捕食时间在一年中最长，这与高的食物要求相关；但是在怀孕的后期，捕食时间缩短，这可能是因为孕蝠体重的增加，从而增加了飞行的难度或者降低了飞行的灵活性。
4、体外寄生螨：我们在扁颅蝠和褐扁颅蝠的身上发现了一种寄生螨的新种(Macronyssuslongzhouensis)。通过三年的数据我们探讨寄生螨的负荷量与物种、性别、繁殖状态、年龄、季节以及地理的相关性。在龙州县，扁颅蝠和褐扁颅蝠都有分布；在宁明县，只有扁颅蝠而没有褐扁颅蝠的分布。两种蝙蝠雄性的寄生螨负荷量比雌性高，怀孕雌性的寄生螨负荷量比哺乳雌性高，哺乳雌性的寄生螨负荷量比非繁殖雌性高。三个年龄段中，亚成体的寄生螨负荷量最高，其次是成年个体，最低的是幼仔。两种蝙蝠的寄生螨负荷量都呈现明显的季节变化，从春季到冬季逐渐降低。宁明扁颅蝠的寄生螨负荷量比龙州的高；在龙州，扁颅蝠的寄生螨负荷量比褐扁颅蝠的高。我们探讨了这些差异的一些原因。